数据挖掘 发表于 2013-10-26 09:51:24

autodock vina的参数和速度

背景：
如果对接1w个分子，你不关注cpu以及exhaustiveness的设置，多进程的原理，你可以在一周内完成对接任务。
而如果你要对接30w个分子，你就需要设置合理的参数。
从而将1个月的时间缩短为1周。

前提是你有足够多的CPU，这里我假设有80个cpu可以使用

解决方案：
vina的多进程是由exhaustiveness决定的，一般一个cpu上面跑一个进程比较快，
所以我们必须手动设置cpu的数目，高通量筛选，我建议保留一个构象，或者能量相差0.1的构象。
这里我设置cpu=4，exhaustiveness=4，这样我可以开20个进程，
每个进程中又有4个进程用满足exhaustiveness。

exhaustiveness这个参数越大计算的更详细，得到的能量更好构象更多

大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-26 16:03:25

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23214/abstract
师弟可以看看这篇文献~这人也做了个基于MPI的vina并行程序，效率在15000CPU同时运行时仍然较高

数据挖掘 发表于 2013-10-28 16:41:18

大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-26 16:03 static/image/common/back.gif
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23214/abstract
师弟可以看看这篇文献~这人也做了个基于M ...

好的，谢谢师兄的推荐

石头 发表于 2013-11-12 11:25:14

学习了:):(:D:'(，
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