17110209 发表于 2016-8-20 14:57:39

临江仙 发表于 2013-12-19 13:58
阿里师兄，请教一个问题哈
如何在pymol中手动创建配体与氨基酸之间的氢键？ ...

请问您这个问题解决了吗？

自行组装 发表于 2017-2-20 11:49:52

本帖最后由 自行组装 于 2017-2-20 11:54 编辑

您好，我想问一下pymol怎么画出双键或共轭结构？我画苯环的时候想在环内加上虚线的圆圈或三个共轭双键。
C:\as.png
就像下面的图：
看上去很简单的样子，但我就是找不到方法。。谢谢抽空帮忙！





自行组装 发表于 2017-2-22 20:52:06

自行组装 发表于 2017-2-20 11:49
您好，我想问一下pymol怎么画出双键或共轭结构？我画苯环的时候想在环内加上虚线的圆圈或三个共轭双键。

...

已经解决了，用show valence。

panacea007 发表于 2017-8-17 17:09:11

河外生命 发表于 2016-4-18 20:00
请教楼主：PyMOL里怎样设置输出图片的分辨率？默认的png分辨率太低了。这样即使用photoshop改成300像素/厘 ...

输出时，输入命令ray 2400,再保存

河外生命 发表于 2017-10-23 15:24:00

请教楼主，pymol里通过find可以找到配体与受体极性的互作，如果是非极性的互作，比如pi-pi堆积等，怎样显示出来？谢谢指教!！

2261970777 发表于 2017-11-10 19:13:23

用分子对接软件pymol处理的对接图中发现有两个氧原子之间的键形成，也有氧原子与氮原子之间的键形成，不知道叫什么？师兄有知道的吗？

小崔 发表于 2017-11-21 19:26:59

今天安装了Pymol，打开软件之后出现WARNING: glDrawBuffer caused GL error，你怎么解决的？谢谢！

乎am艾 发表于 2018-4-20 20:48:07

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-26 19:10
核酸的应该是一样的啊！~你可以传个核酸的pdb或者mol2，然后给一个参考图，我可以帮你试试看 ...

您好，请问能详细说一下怎样利用pymol做出核酸好看的图片吗？跪求

2261970777 发表于 2018-5-14 15:51:24

请教一下，网页版的pymol显示的图保存成pse格式后，为什么用1.7版的pymol软件打不开。以前老版本的也打不开

往事封尘 发表于 2019-2-10 11:48:40

问一个很新手的问题，我在pymol旋转一个原子，如何查看它的坐标
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查看完整版本: pymol答疑帖