fenzimoni 发表于 2013-10-14 16:55:24

Amber的动力学参数iwrap=1

大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件。加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。。

fenzimoni 发表于 2013-10-15 09:29:32

没人知道吗？？？

fenzimoni 发表于 2013-10-18 09:42:37

qian430 发表于 2013-10-17 19:59 static/image/common/back.gif
查到了呵呵，貌似他的功能相当于center image，将溢出水盒子的蛋白映射回去。如果你md时不用这个参数的话 ...

谢谢你的解答！我认为你说得是对的，但是MD时加了iwrap=1后，对于我这个轨迹仍然需要image。

Babyblue 发表于 2013-10-22 20:38:45

去除PBC，居中即可

Milestone 发表于 2013-12-28 13:41:54

Babyblue 发表于 2013-10-22 20:38 static/image/common/back.gif
去除PBC，居中即可

楼主以及版主你们好，我同样遇到了这个问题，在延长计算的时候，上一帧的rst文件无法读取，请问这种情况下该如何处理这个rst文件呢？怎么对rst文件进行矫正？
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