vina 的pdbqt结果转成pdb格式
背景：之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息，
由于pymol对pdbqt的支持不好
ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py
只能实现pdbqts_to_pdb的功能
所以我写了个shell脚本，实现pdbqts_to_pdbs功能，用这个脚本前必须配置一些环境变量。
======================================pdbqts_to_pdbs.sh
#!/bin/sh
#Function : convert the pdbqt format ofligand database to pdb format
#author: Chen Zhaoqiang
#email: 744891290@qq.com
#date:2013.10.09
#required:vina_split in vinaand pdbqt_to_pdb.py in adt
#usage: pdbqts_to_pdbs.sh --input xxx.pdbqt
if [ $# -lt 2 ];then
echo "usage: pdbqts_to_pdbs.sh --input xxx.pdbqt\n";
fi
if [ -d temppp ];then
cd ./temppp
rm ./* -f
else
mkdir temppp
cd ./temppp
fi
cp ../$2 ./
vina_split --input $2
rm ./$2
for file in $( ls );
do
echo $file
pdbqt_to_pdb.py -f $file -o $file'.pdb'
echo$file
rm $file
done
#modify the name to short
rename .pdbqt.out_ligand "" ./*
rename .pdbqt "" ./*
let count=1
for file in $( ls );
do
echo -e "MODEL $count\n" >>$2
cat $file >>$2
echo -e "ENDMDL\n" >>$2
rm $file
let count+=1
done
let count-=1
echo $count
rename .pdbqt.out.pdbqt _out_$count.pdb ./$2
cp ./* ../
cd ..
rm -f temppp -r
===========================================================
把这个脚本放到path中，实现和pdbqt_to_pdb.py同样的地位
支持一下！不过计算机小白的我表示不太懂，也不知道怎么用。要是楼主能讲解下怎么用就更好了 之前也遇到类似的问题，我都用openbabel实现转换，但是效果不理想. 楼主可否傻瓜式的教教怎么用？:lol，先贿赂一下！:lol hinry_jay 发表于 2013-10-11 16:03 static/image/common/back.gif
之前也遇到类似的问题，我都用openbabel实现转换，但是效果不理想. 楼主可否傻瓜式的教教怎么用？，先 ...
你用linux操作系统吗？用的话我可以教下你step by step。 数据挖掘 发表于 2013-10-12 15:30 static/image/common/back.gif
你用linux操作系统吗？用的话我可以教下你step by step。
:L. Linux 一直想学，但没功夫。我都是在win下作对接的！ hinry_jay 发表于 2013-10-12 15:52 static/image/common/back.gif
. Linux 一直想学，但没功夫。我都是在win下作对接的！
化一个月时间看 鸟哥的私房菜。 数据挖掘 发表于 2013-10-24 19:26 static/image/common/back.gif
化一个月时间看 鸟哥的私房菜。
好！系统倒是装上了，就是不知道该如何着手！ 谢谢分享原创脚本 您好，我现在在学习用auto dock 但是一头雾水，不知道可否请大神交流一下 本帖最后由 phenylazide 于 2017-5-19 00:41 编辑
楼主把简单的东西弄复杂了。直接以下一句就好了：
obabel *.pdbqt -O *.pdb --gen3D
我用windows安装了open babel 2.4.1版本，效果很好, 而且速度非常快。
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