fenzimoni 发表于 2013-10-3 16:10:22

AMBER的平均结构

大家好！Amber跑完动力学以后，我取最后10ns轨迹的平均结构，受体蛋白石正常的，小分子的空间结构怎么这么乱了（如图）？？（PS：最后一帧的构象也正常）

天理-小新 发表于 2013-10-4 00:46:10

平均结构嘛，乱了正常，你可以自己再优化一下试试

syjohn 发表于 2013-10-4 08:52:05

平均结构抽出来本来相对来说就比较乱一点，用这个结构，继续用MM优化一下就可以了

fenzimoni 发表于 2013-10-4 10:30:26

syjohn 发表于 2013-10-4 08:52 static/image/common/back.gif
平均结构抽出来本来相对来说就比较乱一点，用这个结构，继续用MM优化一下就可以了 ...

好的，我试一下，谢谢！！

墨竹晓风 发表于 2013-10-6 10:47:49

因为平均结构是取得这段轨迹中每一个原子的平均坐标。这段时间中小分子的C,H之类的原子波动厉害的话，一算平均值就会和其他稳定的原子发生错位，所以就显得小分子很乱了

fenzimoni 发表于 2013-10-7 09:51:36

墨竹晓风 发表于 2013-10-6 10:47 static/image/common/back.gif
因为平均结构是取得这段轨迹中每一个原子的平均坐标。这段时间中小分子的C,H之类的原子波动厉害的话，一算 ...

哦，谢谢！！那该怎么处理呢？我看别人的文章中很多都用平均结构作示意图的，我这个肯定不行啊！楼上的说再次进行分子力学能量优化，可以这样做吗？

墨竹晓风 发表于 2013-10-7 22:41:35

fenzimoni 发表于 2013-10-7 09:51 static/image/common/back.gif
哦，谢谢！！那该怎么处理呢？我看别人的文章中很多都用平均结构作示意图的，我这个肯定不行啊！楼上的说 ...

在做个MM优化也许可以，但是不确定。你要想好万一审稿人问为什么要再次优化。可试下只提取最低能量构象出来看看。

fenzimoni 发表于 2013-10-8 09:43:35

墨竹晓风 发表于 2013-10-7 22:41 static/image/common/back.gif
在做个MM优化也许可以，但是不确定。你要想好万一审稿人问为什么要再次优化。可试下只提取最低能量构象出 ...

好的，谢谢！！实在不行我就提取最后一帧构象来作示意图了。
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