Pymol在线高级教程-电子密度图、APBS静电表面制作等

hgihly 发表于 2016-3-26 16:15:05

那个网址看不了，楼主有没有保存，求发3. Using APBS and PyMOL to display the electrostatics surface

风姿花传 发表于 2018-10-30 16:55:06

谢谢分享
大神说的是哪个群啊想加群:lol

川大-灰太狼 发表于 2018-11-1 22:04:31

风姿花传发表于 2018-10-30 16:55
谢谢分享
大神说的是哪个群啊想加群
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aptx5426 发表于 2019-2-25 21:11:53

用pymol显示基因组，已知各个基因的XYZ坐标，如何在pymol中标记出它们啊？感谢楼主！

川大-灰太狼 发表于 2019-2-26 10:17:16

aptx5426 发表于 2019-2-25 21:11
用pymol显示基因组，已知各个基因的XYZ坐标，如何在pymol中标记出它们啊？感谢楼主！
...

没有明白你的“基因组”的基因是什么意思，是碱基吗？一般标记可以用Label 命令。

aptx5426 发表于 2019-2-26 23:37:54

川大-灰太狼发表于 2019-2-26 10:17
没有明白你的“基因组”的基因是什么意思，是碱基吗？一般标记可以用Label 命令。 ...

是这么回事~我从GEO数据库中获取了一个基因组的3D结构，该结构包含5条染色体，为PDB格式，Pymol可以打开。同时，数据库中还提供了各个染色体上接近100多个基因的XYZ轴坐标，这一坐标文件是TXT格式。我现在就是想利用Pymol把这100多个基因显示在染色体的3D结构上，显示的基因标注成其他颜色。然后我用label命令试过，发现标注的文字及位置根本不在染色体上，不管我怎么输入坐标，最后标定的点都在基因组3D结构的几何中心，应该还是我哪里命令错了吧囧rz 还请指点一二！先谢谢啦！

悠然_NIo6V 发表于 2019-3-11 15:07:50

电子密度图和PDB文件不能用pymol很好的重叠在一起，是什么原因，求解决办法。

冷血发表于 2019-12-17 20:52:15

网址无效了咋办

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