枫叶苏 发表于 2013-9-13 10:27:09

gromacs该怎样跑小分子和蛋白共价结合复合物

目前想接解决的问题有以下几个，
1、小分子和蛋白的top文件的准备应该如何进行？用什么程序或软件？
2、top准备完成之后应该怎样合并用于gromacs
3、如果含有金属离子，又该怎样处理，只是对金属离子constrain吗？

zhangyforever 发表于 2013-9-13 10:33:01

1.小分子itp、gro 文件可以通过prodrg、ATB生成；2.建议你google 搜索 enzyme-complex 有这个教程的，上面介绍很详细；

川大-小王 发表于 2013-9-14 13:13:04

zhangyforever 发表于 2013-9-13 10:33 static/image/common/back.gif
1.小分子itp、gro 文件可以通过prodrg、ATB生成；2.建议你google 搜索 enzyme-complex 有这个教程的，上面 ...

对于gromos力场，虽然教程说用prodrg,但却涉及到电荷的修改----J. Chem. Inf. Model., 2010, 50 (12), pp 2221–2235：《Practical Considerations for Building GROMOS-Compatible Small-Molecule Topologies》

zhangyforever 发表于 2013-9-14 13:20:17

川大-小王 发表于 2013-9-14 13:13 static/image/common/back.gif
对于gromos力场，虽然教程说用prodrg,但却涉及到电荷的修改----J. Chem. Inf. Model., 2010, 50 (12), pp ...

那你可以采用高斯拟合，得到电荷信息也是可以的啊

不经意间的呐喊 发表于 2014-1-2 14:26:30

川大-小王 发表于 2013-9-14 13:13 static/image/common/back.gif
对于gromos力场，虽然教程说用prodrg,但却涉及到电荷的修改----J. Chem. Inf. Model., 2010, 50 (12), pp ...

第三个问题，关于金属离子的怎么处理？例如钙离子？谢谢回复

粉猪是我 发表于 2014-1-18 06:25:16

hi你的第三条有金属离子是怎么解决的呀~谢谢咩
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