西大-song 发表于 2012-10-27 10:03:19

战友们，双亚基蛋白该怎么建模？

RT，我的ATP硫化酶，是两个亚基组成的，建模时候是两个亚基分开建然后再对接？还是把他们的序列连在一起建？我更倾向于前者，但小弟刚入门，不知道蛋白和蛋白该怎么对接，求指点。谢谢啦

zhuimeng0812 发表于 2015-6-2 15:02:00

本帖最后由 zhuimeng0812 于 2015-6-2 15:03 编辑

飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18
modeller可以直接进行多条链（可以是异源的）蛋白的建模，只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了，前提 ...

我构建了 双亚基，当不coppy辅酶的时候没有问题。只要加上辅酶，就会报错。不知道为什么？

align ali文件：
>P1;1zoy_cd
structureX:1zoy_cd.pdb:   10 :C:+237 : :::-1.00:-1.00
EEMERFWNKNLGSNRPLSPHITIYRWSLP
MAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLPG-----NFESHLELVKSLCLGPTLIYTAKFGIVFPLMYHTWNG
IRHLIWDLGKGLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAAM/
SSKAASL
HWTGERVVSVLLLGLLPAAYLN-P--CSAMDYSLAAALTLHGHWGIGQVVTDYV--R-GDALQKAAKAGLLALSA
FTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL.*


>P1;cd
sequence:cd:   : :   : ::: 0.00: 0.00
PSAATEILNAQRVKRPSSPHFTIYQPQIT
WIGSIANRITGGVLSGGLYLFALAYLAGPVVGIPVDTAHVVDLVASLPD--WFKYAVKGALGMSFSFHSWNG
IRHLLWDAGRLMTNTAVMRSGYAVIGLSVATTIGLLTW/
SSKAGSH
HWAFERLLSVALVPATVSAFVVSPTAYPVLDGILAVSLVVHSHIGFDSMVVDYLHPRKWPIFGPIIKWTLRLLTT
GTLIGVYQFNTEDVGLSELVRRVWNA.*

报的错误是：
modeller.ModellerError: read_te_290E> Number of residues in the alignment andpdb files are different:      237      236 For alignment entry:      11zoy_cd

请你在繁忙中 知道一二，非常 感谢！

blueskily 发表于 2016-4-10 16:13:48

大工-阿里巴巴 发表于 2012-10-27 10:24
双亚基是同样的还是不一样的？如果是同样的貌似用siwss-model或者modeller都可以实现多聚体建模，如果是不 ...

modeller新手，只会单链模拟，双链怎么模拟？求助呀

zhuimeng0812 发表于 2015-5-20 19:38:19

西大-song 发表于 2012-10-29 00:00
谢谢！明天试试

我模拟的2条链 不对称，结果报错。你做出来了吗，希望能指点一下！谢谢！

大工-阿里巴巴 发表于 2012-10-27 10:24:39

双亚基是同样的还是不一样的？如果是同样的貌似用siwss-model或者modeller都可以实现多聚体建模，如果是不一样的，可能需要分别模建再对接到一起，后者的话可以用hex试试，把问题再描述的明白一些~我们再讨论！哈哈

西大-song 发表于 2012-10-27 10:56:28

大工-阿里巴巴 发表于 2012-10-27 10:24 static/image/common/back.gif
双亚基是同样的还是不一样的？如果是同样的貌似用siwss-model或者modeller都可以实现多聚体建模，如果是不 ...

谢谢阿里哥！是不一样的亚基，好的，我刚开始接触，还在摸索中。

西大-song 发表于 2012-10-28 14:22:18

mnuseagoing 发表于 2012-10-27 22:58 static/image/common/back.gif
应该都建好，再对接。

谢谢希哥！目前还不会怎么让两个不一样的亚基对接上:lol

飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18:12

本帖最后由 飞毛腿 于 2012-10-28 21:20 编辑

modeller可以直接进行多条链（可以是异源的）蛋白的建模，只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了，前提是要有模板

详细的过程见modeller manual
http://www.salilab.org/modeller/manual/node28.html

西大-song 发表于 2012-10-29 00:00:32

飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18 static/image/common/back.gif
modeller可以直接进行多条链（可以是异源的）蛋白的建模，只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了，前提 ...

谢谢！明天试试

西大-song 发表于 2012-10-29 00:00:36

飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18 static/image/common/back.gif
modeller可以直接进行多条链（可以是异源的）蛋白的建模，只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了，前提 ...

谢谢！明天试试

西大-song 发表于 2012-10-29 00:00:46

飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18 static/image/common/back.gif
modeller可以直接进行多条链（可以是异源的）蛋白的建模，只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了，前提 ...

谢谢！明天试试

cuiyoutian 发表于 2012-12-29 10:25:45

后来我不用modeller，用ds就可以构建双亚基（当然，ds没版权，嘿嘿）
1可以分别建两个亚基，然后利用ds有一个protocol，叫叠合supormise。可以制定一个模板叠合上去，然后保存
2ds有一个功能叫插入gap。你可以试试。自动断开双链。
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