浙医-中药筛选 发表于 2013-9-4 10:40:12

smile 计算机化学格式转换

各位战友:
    请教问题,用台湾中医药数据库TCM database@Taiwan的在线Iscreen做虚拟筛选与分子对接,出来的Result中的ligand分子名称都是显示为数字。
   为此,发邮件去请教,对方教授回答如下:
   因為我們當初建立資料庫是利用MySQL軟體。這軟體會自動把compound編號而變成數字,所以不是化學名稱而您所問的問題,其實這兩年來我幾乎天天被問。但是在解決之前,您可以先利用軟體,例如chemoffice把smile檔,load進去。您就知道這是什麼compound叫啥名字了
   我现在的问题是:对接后文件格式是mol2,而相应的ligand可以找到SDF,或MOL2格式,并没有找到smile格式的。附件中是《计算机存储化学结构的格式及其相互转化》中提到了smile。
   但是还是不会,所以请指点!


计算机存储化学结构的格式及其相互转化_孔德信.pdf(382.15KB)

川大-灰太狼 发表于 2013-9-4 10:52:23

其实不是很明白你的具体问题,是你做了对接后,不知道这个结果分子的名称了吗?得到的对接结果的分子格式是mol2吗?如果是这样的话,可以用文本编辑器打开,看mol2文件里面的分子名称。

浙医-中药筛选 发表于 2013-9-4 13:29:15

谢谢灰太狼兄!
是对接后,不知道小分子的化学名称,它的名称是以数字代替的。
具体可见对接结果 http://iscreen.cmu.edu.tw/results/P1222_Top200.php。
将其中一个结果下载并以文本打开,还是没看到化学名称。

xxffliu 发表于 2013-9-7 01:13:40

湾湾的意思是,你把分子smile文件读入chemdraw中,然后用chemdraw的“结构生成分子名称”,就能看到chemdraw的自行猜测的IUPAC命名了。当然我觉得这绝壁不是你想要的。其实是湾湾在生成数据库过程中,自行用数字命名覆盖掉了原来的分子名。

浙医-中药筛选 发表于 2013-12-10 20:01:12

谢谢xxffliu的解答。现在我是找不到smile文件。还有,因为中药很多成分是有自己独特的名称的,chemdraw如果出来的是IUPAC的名字,那样也是不行的。

川大-灰太狼 发表于 2013-12-11 09:00:58

浙医-中药筛选 发表于 2013-12-10 20:01 static/image/common/back.gif
谢谢xxffliu的解答。现在我是找不到smile文件。还有,因为中药很多成分是有自己独特的名称的,chemdraw如果 ...
我看了你给的这个结果,里面的Ligand Name我觉得应该在你对接的分子文件里面有,不是自动的数字替换,而是有编号的。你把这个数值和simle文件里面的号要对应起来。他们的中药分子数据来自http://tcm.cmu.edu.tw/你可以去下载这个库来查询。

浙医-中药筛选 发表于 2013-12-12 10:32:51

川大-灰太狼 发表于 2013-12-11 09:00 static/image/common/back.gif
我看了你给的这个结果,里面的Ligand Name我觉得应该在你对接的分子文件里面有,不是自动的数字替换,而是 ...

谢谢狼兄!:victory:先试一试。:handshake
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