枫叶苏 发表于 2013-8-30 19:57:42

Gromacx 中 atomtype c3 not found

小分子力场有amber中的antechamber生成。
top文件和坐标文件手动整合后，
editconf -f 4HTB_processed.gro -o newbox.gro -bt cubic -d 1.0

genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p 4HTB.top -o solv.gro

grompp -f em.mdp -c solv.gro -p 4HTB.top -o ions.tpr

之后就会出现：
fatal error：
atomtype c3 not found。
我从网上找的解决方案也行不通。
现附上附件，还请帮忙解决，看看是哪的错。
蛋白top表头蛋白top表尾
小分子itp文件表头小分子itp文件表尾



eming 发表于 2013-8-30 23:25:12

你这里的4HTB.top就不对

枫叶苏 发表于 2013-8-31 10:54:27

eming 发表于 2013-8-30 23:25 static/image/common/back.gif
你这里的4HTB.top就不对

哪个地方？请指教

桂理工-gypsy 发表于 2013-8-31 11:49:59

枫叶苏 发表于 2013-8-31 10:54 static/image/common/back.gif
哪个地方？请指教

应该是你的初始结构中原子的命名有问题，因此找不到该原子类型，你看看你的文件是自己构建或者下载的，还是直接复制别人的那个坐标。

枫叶苏 发表于 2013-8-31 13:40:56

桂理工-gypsy 发表于 2013-8-31 11:49 static/image/common/back.gif
应该是你的初始结构中原子的命名有问题，因此找不到该原子类型，你看看你的文件是自己构建或者下载的，还 ...

下载的pdb文件
页: [1]
查看完整版本: Gromacx 中 atomtype c3 not found