川大-灰太狼 发表于 2013-8-29 09:34:02

Pymol 使用小技巧3-合并配体与蛋白形成复合物

接着Pymol使用小技巧2，这次我们想把提取出来的配体和蛋白又组合成一个object，形成复合物形式。

这次只需要一步，使用create 命令。

1、命令为   

create 复合物，配体 蛋白

如果复合物名称为complex，配体名称为ligand，蛋白名称为protein，那么命令为

create complex, ligand protein


这样新创建的complex就成了蛋白-配体复合物了。

你就可以保存这个complex。

PS：如果还有什么关于Pymol的问题，可以跟帖，到时候我们以Pymol使用小技巧的形式给大家补充。

临江仙 发表于 2013-8-29 10:29:14

狼哥，我按照你的方法做了下，运行有错，求解决啊

小草 发表于 2013-8-31 10:59:47

我来添乱。。为什么我create 后是成复合物了但保存后只有protein？

川大-灰太狼 发表于 2013-9-2 09:02:27

小草，你保存的时候，注意选择你要保存的object（也就是你产生的复合物），然后再保存就好了。

川大-灰太狼 发表于 2013-9-2 09:48:54

不好意思哈！还好小草提醒我，这个命令我弄错了，不是 create ligand, protein而是 create complex, ligand protein，我编辑下帖子改正！

水晶紫 发表于 2013-9-3 11:19:07

求，如何用pymol制作插入PPT中的动画~~

jianchen7882 发表于 2013-9-10 14:39:27

本帖最后由 jianchen7882 于 2013-9-10 15:02 编辑

川大-灰太狼 发表于 2013-9-2 09:48 static/image/common/back.gif
不好意思哈！还好小草提醒我，这个命令我弄错了，不是 create ligand, protein而是 create complex, liga ...
不好意思呀，楼主，照着你这个做，还是弄的不好，已经显示创建了这个文件了，但是用LigPlus打开时，还是先显示找不到配体，打不开，求指点，谢谢啊！！！

川大-灰太狼 发表于 2013-9-10 22:27:59

jianchen7882 发表于 2013-9-10 14:39 static/image/common/back.gif
不好意思呀，楼主，照着你这个做，还是弄的不好，已经显示创建了这个文件了，但是用LigPlus打开时，还是先 ...

这个是pymol软件，不是Ligplus软件！兄弟你别看花眼了：）

jianchen7882 发表于 2013-9-11 08:17:27

本帖最后由 jianchen7882 于 2013-9-11 08:19 编辑

川大-灰太狼 发表于 2013-9-10 22:27 static/image/common/back.gif
这个是pymol软件，不是Ligplus软件！兄弟你别看花眼了：）
不是，是用pymol把配体和受体组合之后，生成新的pdb文件，再用ligplus打开时，提示缺少配体，不能打开了吗？应该怎么弄pymol的设置呀，谢谢！！！1
（没说清楚啊，不好意思）
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