margaretli 发表于 2013-7-23 10:51:54

pymol作图时出现了问题（对autodock对接结果进行处理）

用autodock做完对接，将对接结果保存成了pdb格式，参照“pymol作图的一个实例”对其进行处理，但是在点击cartoon显示蛋白质时，出现的情况很奇怪，显示不出。导入对接后的结果和cartoon后的图如下。
我注意到导入的蛋白质上有的地方是灰白色的，和这个有关系吗？是我在对接结果保存时有问题吗？？

dejunchem 发表于 2013-7-25 20:36:08

估计是对接以后蛋白的pdbqt文件与pdb转换.

建议对接之后结果保存为pdbqt格式，然后再转为pdb, 在转pdb之前除去蛋白氢原子。

margaretli 发表于 2013-7-25 21:42:37

非常感谢您的回复！{:soso_e183:}存为pdbqt格式后，是用pymol转换，还是直接用ADT转换呢？

苏祖清 发表于 2013-7-26 09:50:11

用adt转换

大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-26 11:12:32

margaretli 发表于 2013-7-25 21:42 static/image/common/back.gif
非常感谢您的回复！存为pdbqt格式后，是用pymol转换，还是直接用ADT转换呢？ ...

还可以用viewer lite来转，在我们的群共享里有

puzhongji 发表于 2014-3-30 20:25:15

大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-26 11:12 static/image/common/back.gif
还可以用viewer lite来转，在我们的群共享里有

什么是viewer lite
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