margaretli 发表于 2013-7-20 19:54:56

pymol中如何将下载的蛋白质和其结合的小分子分离。

      最近在autodock。我将蛋白质数据库中的蛋白下载下来了。但是不知道如何将蛋白质和小分子分离，然后分别保存成两个pdb文件。我在网上也搜索了很多，但是都很笼统。哪位大神有详细一点的教程，margaretli@126.com，非常非常感谢。弱弱的问一句，在Discovery Studio 中可以讲蛋白质和小分子分离吗？若是可以，这个的教程也行。。在此先拜谢啦！~！~！

川大-灰太狼 发表于 2013-12-3 11:34:33

pdh1015 发表于 2013-12-3 11:09 static/image/common/back.gif
你好，pymol选中配体我会，但怎么选中蛋白呢，蛋白有那么多氨基酸残基，是用什么命令呢 ...

其实在pymol的右下方

鼠标点击会出现Residue，Chain，Molecular，Atom等



选择chain or Molecular然后点击蛋白，就选中了，选择配体或者残基则选择 Residue。

数据挖掘 发表于 2013-7-20 22:30:35

用pymol分开,首先选中蛋白,然后保存sele,
然后选中配体保存sele
不会的话可以联系我 czq_348@126.com(744891290)

margaretli 发表于 2013-7-21 00:14:18

{:soso_e183:}非常感谢，非常感谢！~！~！

pdh1015 发表于 2013-12-3 11:09:39

你好，pymol选中配体我会，但怎么选中蛋白呢，蛋白有那么多氨基酸残基，是用什么命令呢

pdh1015 发表于 2013-12-3 11:49:44

哦，原来如此，谢谢狼哥
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