数据挖掘 发表于 2013-7-20 15:18:53

万能的pymol---基于命令

我有一个想法，把所有的小工具都集中到pymol中，
大家如果有什么想要加进来的小工具，可以提出来。
我有空就来帮大家实现。
我现在想到的是计算小分子的分子量。

leos 发表于 2013-7-20 17:27:20

propka可以加进来哎~~http://pymolwiki.org/index.php/Category:Script_Library有很多script，可以看看里面缺什么，加进来哎~~

数据挖掘 发表于 2013-7-20 22:58:44

leos 发表于 2013-7-20 17:27 static/image/common/back.gif
propka可以加进来哎~~http://pymolwiki.org/index.php/Category:Script_Library有很多script，可以看看里面 ...

大家利用的好像不多.
可能对里面的脚本不太熟悉,希望你能给大家普及下,如果你熟悉的话,可以给大家推荐几个常用脚本

leos 发表于 2013-7-21 08:34:11

我只是需要的时候才会去找哎，要不然就自己code一个了，有现成工具的时候，很少去弄的哎~~

数据挖掘 发表于 2013-7-21 09:03:27

纯娱乐,
给每个氨基酸着不同的颜色.
使用方法
run coloraa.pml
你的pymol中就有这个命令了coloraa
color代表的是颜色 aa代表的是氨基酸

川大-灰太狼 发表于 2013-7-21 10:25:34

数据挖掘 发表于 2013-7-21 09:03 static/image/common/back.gif
纯娱乐,
给每个氨基酸着不同的颜色.
使用方法


from glob import glob
from pymol import cmd
def coloraa():
        aa=('tyr','gly','phe','met','leu','arg','pro','lys','gln','glu','asn','ileasp','val','his','ser','ala','thr cys','trp')
        count=1
        for i in aa:
                line='color '+str(count)+','+'resn '+i
                cmd.do(line)               
                count+=1
       
cmd.extend("coloraa", coloraa)

西湖柳叶 发表于 2013-8-17 08:59:50

不错啊，学习学习
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