猪肉大葱 发表于 2013-7-14 21:52:04

AutoDock可以做ct-DNA与小分子对接吗？

1.AutoDock可以做ct-DNA与小分子对接吗？
2.我在进行操作时候，在处理完晶体3ft6（DNA晶体）后，在导入ligand（小分子）时候，不能够看见，也不能够操作，可能是在显示窗外，请问如何处理？

川大-灰太狼 发表于 2013-7-15 10:35:04

1、Autodock可以做DNA和小分子的对接。以下是参考文献：
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci9001537
J Chem Inf Model. 2009 Aug;49(8):1925-35. doi: 10.1021/ci9001537.
Docking studies on DNA-ligand interactions: building and application of a protocol to identify the binding mode.Ricci CG, Netz PA.
SourceInstituto de Quimica, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, av Bento Goncalves 9500, 91501-970, Porto Alegre, Brazil.
PS：这样的问题最好的google下看有这样的文章没有。

2、处理的时候请先多学习ADT的使用，你的前期准备都是在ADT中进行。

猪肉大葱 发表于 2013-7-15 11:02:48

川大-灰太狼 发表于 2013-7-15 10:35 static/image/common/back.gif
1、Autodock可以做DNA和小分子的对接。以下是参考文献：
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci9001537
J ...

不是，我前期处理ct-DNA（3ft6）时候用chembio office，而且只是选择删除我不需要的结构，
因为我没有找到autodock处理分离蛋白或DNA的方法，不知道你哪有吗，如果有请送我一份吧，谢谢。
2.还是那个问题，为什么我用ADT处理完DNA后，在打开配体（ligand）时候，不能显示配体分子？
但是我在用蛋白与他结合时，就能够显示，为什么？
谢谢了

川大-灰太狼 发表于 2013-7-15 11:28:39

猪肉大葱 发表于 2013-7-15 11:02 static/image/common/back.gif
不是，我前期处理ct-DNA（3ft6）时候用chembio office，而且只是选择删除我不需要的结构，
因为我没有找 ...

我都不知道你说的是DNA与小分子的对接 还是 蛋白质与DNA的对接了？
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