kangsgo 发表于 2013-5-13 10:10:11

autodock错误问题

本帖最后由 kangsgo 于 2013-6-4 14:49 编辑

          小弟只有这么多金币了--但是这个问题已经困扰我快一个星期了，应该是比较容易的问题，希望大家能够帮我看看，毕设就要到期了，但是老师也不会做，真是有点急{:soso_e150:}            
            主要是跑autodock4的时候出现的问题,dlg文件显示:

Coordinates of Central Grid Point of Maps =      (2.500, 6.500, -7.500)

Macromolecule file used to create Grid Maps =      hsg1_rigid.pdbqt

Grid Parameter file used to create Grid Maps =      ./hsg1.gpf

Minimum coordinates in grid = (-8.750, -4.750, -18.750)
Maximum coordinates in grid = (13.750, 17.750, 3.750)



DPF> map hsg1_rigid.P.map               # atom-specific affinity map


autodock4: I'm sorry; I can't find or open "hsg1_rigid.P.map"
Real= 0.08,CPU= 0.04,System= 0.01


          不知道是哪里错误了，我的dlg文件以及羟基磷灰石分子文件均在附件里。希望可以帮我看一下。
         
      还有就是哪位师兄/师姐可以教我一天或者几个小时autodock吗？我原来是生工的，第一次接触这个还是感觉很难，装软件自己都装了很久。我请他/她吃饭{:soso_e149:}。最好是四川的，当然国内其他学校的愿意我也可以坐火车去找你~感激不尽！实在是没有办法了。



               我上传了羟基磷灰石分子以及dlg分件，可以帮我分析一下是哪里的问题吗？

川大-灰太狼 发表于 2013-5-13 10:10:12

：）我下载了你的文件 帮你看看。免费的哈 嘿嘿，不用请饭饭。

川大-灰太狼 发表于 2013-5-13 12:55:54

1、hy.pdb羟基磷灰石分子 是错误的。二维格式的还没有画对！

kangsgo 发表于 2013-5-13 13:10:59

川大-灰太狼 发表于 2013-5-13 12:51 static/image/common/back.gif
：）我下载了你的文件 帮你看看。免费的哈 嘿嘿，不用请饭饭。

恩，恩谢谢灰太狼~

川大-灰太狼 发表于 2013-5-13 13:14:49

但由于你的小分子是羟基磷灰石分子的结构如附件，不适合用Autodock来做分子对接研究。

kangsgo 发表于 2013-6-1 18:23:34

本帖最后由 kangsgo 于 2013-6-1 18:25 编辑

川大-灰太狼 发表于 2013-5-13 12:55 static/image/common/back.gif
1、hy.pdb羟基磷灰石分子 是错误的。二维格式的还没有画对！
灰太狼学长~有没有不要自己画直接可以转格式的软件吗？

川大-灰太狼 发表于 2013-6-5 08:50:02

可以呀，你其实已经有分子结构了只是是二维的，用openbabelDS sybyl Schrodinger 等做下优化和3维转化就可以了。
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