Cuizhen 发表于 2014-10-27 18:04
做抑制剂和蛋白的对接时，一定要 看到 有小分子和蛋白的活性位点有结合现象才有意义吗？ ...
如果不考虑其他情况下，抑制剂最起码是要对接到活性位点才有意义的。其实除了对接到活性位点外，还要与关键残基形成相互作用。什么事情都有意外，如果你对接到的位点不是orthosteric binding site，而是allosteric binding site，但你得证明是allosteric binding site。此外，使用的软件也不一定适合你的体系，找不到正确的构象也会常常发生。
感谢分享，具体第二步，配体扩张法是怎样操作的呢，感谢大神的赐教。
asdasdadasdasdasdad
楼主，我想问下，我的蛋白没有原配体，但是在文献中查到一些抑制剂与该蛋白的几个氨基酸相关，我该怎样对接？是否处理蛋白后，直接用vina对接？
请问下，第二种方法有配体受体结构，直接把配体移去，是不是就可以得到一个受体呀？还有以配体为中心，扩大几个埃的目的是为什么呢？
小红牛啊 发表于 2017-5-9 10:10
请问下，第二种方法有配体受体结构，直接把配体移去，是不是就可以得到一个受体呀？还有以配体为中心，扩大 ...
移去配体，可直接得到受体，但这个受体你要检查活性位点是否有氨基酸侧链丢失或者氨基酸缺失的情况，有的话就补上。扩大的目的是为了活性位点更好的容纳下配体，保证配体在活性位点区域对接时自由选择，也保证了周围氨基酸与配体的亲和力计算。