jamesxue 发表于 2013-4-19 02:10:29

Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助!!!

各位前辈:
       当初是巴巴兄带我进的BioMS,前辈们对我都特别照顾,感谢BioMS能给我们这么好的一平台,共同探讨学习!!进来才发现,群里大牛好多,想在这里提些问题,问题有点多,希望各位前辈见谅哈!~~
1、      用perl脚本分析heat.out density.out equil.out时
(http://ambermd.org/tutorials/adv ... /process_mdout.perl),
./process_mdout.pl heat.out density.out equil.out
得到的结果却是Permission Denied?这样没法生成.DENSITY .TEMP .ETOT文件用于xmgr分析了,怎办?
2、      每次运行prod时,都发现run.x运行不了,
(http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/run.x),这是为何?
无奈只得逐次prod.in输入运行,发现prod1.mdcrd还OK,但从prod2开始就说STOP PMEMD Terminated Abnormally! 看了.out中说,couldn’t find enough velocities in prod1.rst,于是将irest=1 ntx=5修改为irest=0 ntx=1,又说input errors occurred. Terminating executive. 怎办?
无奈下一步只好将heat.mdcrd density.mdcrd equil.mdcrd和prod1.mdcrd汇总,无法得到后面的prod2/3/4.mdcrd一起分析,应该怎样改进才行?
3、      除了xmgr,还有没其它看这些density,temperature,total energy结果的方式?
电脑是Centos的,安装需要很多根文件,但总是装不尽根文件,总是要再装再装,有没简便一点的方案?
4、      计算MM/PBSA和MM/GBSA,内容如下:
MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
GB顺利,PB显示为:
Beginning PB calculations with /opt/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
calculating complex contribution...
CalcError: /opt/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop ras-raf.prmtop!
想问下是何原因PBSA总是不行??
5、      计算结合自由能能量分解,内容如下:
$ MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
明明我是按结合自由能能量分解的教程输入的,得出来的结果竟还是只有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat!并没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat!而且很奇怪脚本-i并没有输入mmpbsa_pairwise_decomp.in的地方,但教程明明已经详细列出,这是为何?是不是教程有误?
另,还有个小问题,pairwise的.in为啥idecomp=1而不是3或4?而且print_res不应该是n的平方吗,为啥还是n?
6、      不甘心,于是将5改为:
$ MMPBSA.py -O -i mmpbsa_pairwise_decomp.in -o FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
结果刚算GB时,结果就为:
Beginning GB calculations with /opt/amber12/bin/sander
calculating complex contribution...
Error opening unit   30: File "_MMPBSA_dummycomplex.inpcrd" is missing or unreadable               
CalcError: /opt/amber12/bin/sander failed with prmtop ras-raf.prmtop!
不知原因为啥,更别提进一步算PBSA了!!
      最后,谢谢各位前辈的耐心解决,我一定尽快回复,辛苦各位BioMS前辈了!!!
                                                                                    真心渴求学习的菜鸟求助~~~

lzzlzm 发表于 2013-4-19 02:10:30

问题1 给perl脚本加上可执行权限。chmod 755 process_mdout.pl, 之后应该就可以运行这个脚本了。或者可以输入perl ./process_mdout.pl heat.out density.out equil.out,这样不用可执行权限也ok。
问题2 如果输入的命令对的话,一般不会出这个问题。再好好检查下各个文件吧。如果你在运行过程中重新tleap了,那可能会导致这个问题。建议全部重头做一遍。那个run.x应该是一个mpich2的脚本,一般要用qsub来提交任务。
问题3 各种作图软件都能显示这个结果。比如origin,gnuplot等。在linux下安装xmgr一般需要先装open_motif
问题4-6 mm_pbsa计算推荐先试一下mm_pbsa.pl

jamesxue 发表于 2013-4-19 13:27:34

自己顶一下,辛苦各位前辈了~~!!

jamesxue 发表于 2013-4-19 16:46:13

lzzlzm 发表于 2013-4-19 14:53 static/image/common/back.gif
问题1 给perl脚本加上可执行权限。chmod 755 process_mdout.pl, 之后应该就可以运行这个脚本了。或者可以 ...

谢谢lzzlzm的热心回复!!!不过最后一句还是没看明白,mm_pbsa.pl,前辈能详细讲解下么~~~
我得出结果仅有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat,并没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat
于是我把教程mmpbsa.in改为mmpbsa_pairwise_decomp.in,结果为: Error opening unit   30: File "_MMPBSA_dummycomplex.inpcrd" is missing or unreadable
还请前辈指教,辛苦lzzlzm前辈了!!!   

lzzlzm 发表于 2013-4-21 08:09:02

jamesxue 发表于 2013-4-19 16:46 static/image/common/back.gif
谢谢lzzlzm的热心回复!!!不过最后一句还是没看明白,mm_pbsa.pl,前辈能详细讲解下么~~~
我得出结果仅 ...

amber里面计算mm_pbsa有两套软件,一套是mm_pbsa.py另一套是mm_pbsa.pl。你试试后面的这个。教程上有使用方法。

N.S. 发表于 2013-11-4 12:09:58

lzzlzm 发表于 2013-4-21 08:09 static/image/common/back.gif
amber里面计算mm_pbsa有两套软件,一套是mm_pbsa.py另一套是mm_pbsa.pl。你试试后面的这个。教程上有使用 ...

我也是遇到了和楼主问题6一样的问题,等我试试mm_pbsa.pl

心如止水-工大 发表于 2014-9-23 16:35:28

楼主问题解决了吗?我也出现了问题4,好几个月了

coolben 发表于 2014-12-23 21:41:26

我也遇到了问题5,只有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat,没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat!不过不过不过,MMPBSA.py的进程还在,一直都在,我没有kill掉进程,结果三十多个小时了还是在,而FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat只有一行| Run on Tue Dec 23 16:20:11 2013 ,并且这个文件一直都没有更新!这个怎么回事呢?是不是陷入了死循环??

岸芷汀兰 发表于 2015-6-21 18:24:57

问题4:可以在生成的_MMPSBA_ras-raf_gb.mdout.O中结尾处查看其问题到底出在哪里
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