科大—小王 发表于 2013-4-8 15:41:56

gromacs打开二硫键

你好，最近我在做动力学模拟，遇到了一些问题，我想做蛋白质的二硫键打开和没打开下的动力学模拟，打开我不知道用什么方式，试过这个指令：:pdb2gmx -ignh -f 1AKI.pdb -o 1AKI.pdb -p 1AKI.top -water spce -ss，但是在pymol上并没有显示已打开，当我在进行下一步的时候，会出现,it will turn out that:

Fetal error:autom HG in residue CYS6 was not found in rtp entry CYS2 with 10 atoms while sorting atoms.我不知道是什么原因，最近看了《分子动力学模拟二硫键对胰岛素构象稳定性的影响》里面有提到打开二硫键的方式：将天然态胰岛素的6个半胱氨酸残基从二硫键更换成自由巯基，能否知道一下我方法。

希望您在百忙之中给予我回复，谢谢。

leos 发表于 2013-4-8 16:08:08

你是选用的什么力场啊？

科大—小王 发表于 2013-4-8 20:31:40

leos 发表于 2013-4-8 16:08 static/image/common/back.gif
你是选用的什么力场啊？

OPLS力场

leos 发表于 2013-4-9 17:09:38

OPLS力场对CYS和二硫键CYS的定义是不一样的，打开的二硫键的残基的残基名称为CYS，形成为二硫键的残基的名称为CYS2或者CYX，你在pdb里面修改残基的名称，然后pdb2gmx就可以然可以得到形成二硫键和不形成二硫键的top和gro文件了~~

科大—小王 发表于 2013-4-12 19:39:14

leos 发表于 2013-4-9 17:09 static/image/common/back.gif
OPLS力场对CYS和二硫键CYS的定义是不一样的，打开的二硫键的残基的残基名称为CYS，形成为二硫键的残基的名 ...

是不是在原本pdb文件里面修改？求具体步骤？

科大—小王 发表于 2013-4-12 19:39:41

leos 发表于 2013-4-9 17:09 static/image/common/back.gif
OPLS力场对CYS和二硫键CYS的定义是不一样的，打开的二硫键的残基的残基名称为CYS，形成为二硫键的残基的名 ...

是不是在原本pdb文件里面修改？求具体步骤？

leos 发表于 2013-4-12 19:41:59

是在pdb文件中修改的，修改pdb文件中的残基名字~~
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