luarence 发表于 2020-7-14 22:32:01

蛋白预处理后出现断裂情况，请求解答

在Autodock中进行蛋白预处理（加氢、加电荷、添加原子类型）后，使用此蛋白pdbqt文件进行分子对接，发现结果的蛋白3D结构出现断裂情况，如图，发现是蛋白经过预处理后就已经出现了断裂情况，大家有遇到过此情况的吗？请问论坛中大佬知道如何解决吗？谢谢各位！

川大-灰太狼 发表于 2020-7-27 09:45:48

或许可以把小分子配体提取出来，放到Pymol中去观察。

luarence 发表于 2020-7-27 12:08:38

川大-灰太狼 发表于 2020-7-27 09:45
或许可以把小分子配体提取出来，放到Pymol中去观察。

这个我就是在对接完后在pymol中查看得到这个结果，然后我就只进行蛋白预处理，得到pdbqt格式文件，然后转换格式成pdb，再用pymol查看也是这个结果，就觉得是预处理引起的这个结果，我采用的PDB ID：1z83蛋白。

川大-灰太狼 发表于 2020-8-3 11:43:02

luarence 发表于 2020-7-27 12:08
这个我就是在对接完后在pymol中查看得到这个结果，然后我就只进行蛋白预处理，得到pdbqt格式文件，然后转 ...

那就把对接的分子结构导出来，然后用pymol打开新蛋白，导入分子观看即可：）

luarence 发表于 2020-8-6 09:00:29

川大-灰太狼 发表于 2020-8-3 11:43
那就把对接的分子结构导出来，然后用pymol打开新蛋白，导入分子观看即可：） ...

主要是蛋白分子在预处理完了就出现断裂情况，是不是对接结果就不可靠了？
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