琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-26 09:11:42

带有原配体的蛋白质redocking后，氨基酸残基与原配体的连...

请问大家一下，带有原配体的蛋白质重新对接以后，在ligplot+中本来显示有氢键连接的地方变成了疏水氨基酸，请问这是什么原因?是不是我对接坐标设置的问题还是处理蛋白的原因?求指教

biyiming23 发表于 2020-4-28 10:50:41

请问解决了吗？我也是这样，而且有些残基根本显示不出来

琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-30 11:57:48

biyiming23 发表于 2020-4-28 10:50
请问解决了吗？我也是这样，而且有些残基根本显示不出来

算是解决了，可能是盒子设置太小，或是蛋白质处理的问题，我里面含有金属原子，当时处理时删掉了一个以为并不重要的金属，结果对接分数虽然不错，但是分析结合模式并不好。所以，我没有删除重新对接，就和原配体连接的关键残基差不多

biyiming23 发表于 2020-5-2 11:19:51

琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-30 11:57
算是解决了，可能是盒子设置太小，或是蛋白质处理的问题，我里面含有金属原子，当时处理时删掉了一个以为 ...

好的，谢谢，我试一下。
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