琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-24 17:34:55

关于分子对接前，金属蛋白酶的预处理问题，急求解答

请问分子对接前处理金属蛋白酶，必须提前做氨基酸质子化那些么？我是用Autodock Tool处理蛋白，目前只做了加氢，计算电荷等不走，不知道还需要做哪些步骤进行优化更好？
还有一个问题就是关于金属电荷，autodocktool识别不了金属离子，然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷，但是，在做对接时根本用不了，说无效文件，请问有谁指导该怎么处理么？
我是用Autodock vina软件做对接的
谢谢各位大佬指导

琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-25 10:44:48

我昨天自己又尝试在pdbqt文件里为金属离子加电荷量，然后对接成功了。但是连接的结合模式图不是很好，想请教各位，在对接前除了对金属原子加氢计算电荷，还需要什么重要操作，有利于分子对接

luarence 发表于 2020-4-27 15:02:19

我也遇到和你一样的问题，，虽然没有其他的解决办法，我就是想问下给金属酶加电荷是用gaussian计算的吗？我在论坛就看到有人是用这个软件的，是这样吗？还是有其他的方法知道金属还有些其他原子的电荷量吗？帮忙告知下哪里有解决办法，谢谢！顶贴

琦锅锅_XI7es 发表于 2020-4-30 12:01:10

luarence 发表于 2020-4-27 15:02
我也遇到和你一样的问题，，虽然没有其他的解决办法，我就是想问下给金属酶加电荷是用gaussian计算的吗？我 ...

我没有用Gaussian计算，我是参照相关文献里面金属参数的设置，用的是AUtodocktool处理蛋白质，然后直接在pdbqt文件里加上电荷量就行
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