beikwx 发表于 2020-4-11 18:10:22

[SailVina]最终版本发布!Vina分子对接全套整合GUI

本帖最后由 beikwx 于 2020-4-14 22:17 编辑

写写停停大半年,终于把整个软件完成了!之前的版本我将在近期删除。
这是最终版本,不会再进行功能更新!
包含了分子对接需要的几乎所有工具,项目地址即详细介绍教程见:https://github.com/beikwx/SailVina

word教程文档下载:
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw) 提取码:eow2

不同版本下载地址:
1. exe版本:
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg)
提取码:e4ss
2. python版本:
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A)
提取码:ykxb


SailVina只是一个带界面的脚本,批量调用Autodock Vina,openbabel等来便捷的进行分子对接。
可以实现以下功能:
1. 下载受体;自动准备受体。
2. 配体格式转换;根据取代基批量生成配体。
3. 验证对接方案(Protocol)是否可以还原实验结果。
4. 单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。
5. 将对接的多个配体提取出来。
6. 提取对接的分数;批量提取分数,并选择性的提取结果。
7. 将配体和受体合并成一个文件。
8. 计算两个/多个小分子之间的RMSD值。

如果有疏漏或者错误欢迎指出。同时欢迎对项目进行再制作,本人也只是个业余喜欢编程的菜鸟,代码可能不太好看,欢迎交流讨论。


beikwx 发表于 2020-10-4 20:41:42

guan 发表于 2020-10-3 10:44
为什么配体准备出来不对,奇形怪状的。

请确认原始配体的文件格式、结构是否正确。

beikwx 发表于 2020-9-22 10:57:59

罗青 发表于 2020-9-18 16:10
下载不了了呢?

网盘都能下,也可以去项目地址查看。

beikwx 发表于 2020-4-11 18:15:02

这个论坛服务器不太稳定啊。贴一个软件截图
http://emuchvimg.oss-cn-qingdao.aliyuncs.com/img/2020/0411/w153h4864400_1586597749_430.jpg

一枚高手 发表于 2020-4-13 08:56:28

辛苦楼主!!!

吴藥师_nDg77 发表于 2020-4-13 20:44:18

厉害啊~收下了

biyiming23 发表于 2020-4-18 13:12:52

这个太省事了感觉,感谢感谢

wx_k1w1kQ50 发表于 2020-4-22 16:28:19

果断收藏:handshake

mambo 发表于 2020-4-23 08:56:08

支持一下!

acetone 发表于 2020-4-27 16:50:14

整合成一个脚本太棒啦,非常感谢!

菜徐坤的蔡 发表于 2020-4-28 12:45:22

楼主威武

guoniu35 发表于 2020-5-7 20:52:36

谢谢分享,很给力:)
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