grenhandchem 发表于 2020-2-2 20:21:41

关于mol格式批量转成mol2格式的问题

各位大佬，小弟在搜集化合物数据的过程中，收集到近千个mol文件，尝试用open babel批量输出，但是输出文件存在一些问题，所以结果不太理想，特来发帖求助，恳请大佬们支招解惑，谢谢大家！

数据挖掘 发表于 2020-2-23 15:29:46

mol 是2D 结构， 可以通过RDKit 转换成3D 结构，然后再保存成 mol2。

RDKit 产生3D 相关算法介绍，见 RDKit中文教程

也可以尝试其他软件，openbabel 先产生3D 坐标再保存mol2。
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