wanghanlu 发表于 2013-4-1 18:00:09

ChemCraft绘制分子轨道图

ChemCraft绘制分子轨道图                                                   ----------2013-4-1于茂名
ChemCraft是与一些量子化学软件一起使用的图形用户界面程序,主要用于显示计算结果和绘制各种输出图形,可以用于Gamess(US),Gaussian等。但我觉得它的帮助和网站对使用的介绍不是特别详细,或者是我没有找到。下面分享一下我的一些简单使用。
1.先在这个网站下载ChemCraft软件,最新版为1.7版。我在这下载的是windows版的。
http://www.chemcraftprog.com/download.html


2.安装软件
标准的windows软件安装,如果不想改什么,就直接下一步。最后会弹出来,只有150天的使用期限.


在网上找这个序列号,可以注册的。
03236477744179780554
83707844368006566910
38530539491588729738
31387964971014746885
11345644226535747436
79993014204181278433
11141501269225233073
15570380810924683718

在help菜单下,查看license information,已经变成学术许可了。

3.绘制分子十字椭圆图
很简单:打开一个Gaussian输出文件,.out文件就可以,不过有时候它对一些输出文件直接打不开,转换成PDB文件就可以了。我打开是一个苯的结构图。


标准显示如下:


点击菜单”display”-à”Cutomize”,选择”Edit sheme”,


在Commoan Properties下标签卡下选择Grid on atioms 打勾,然后点击”Apply”就可以了。


显示图形如下:


在刚才那个界面中还可以修改各元素的显示的颜色,这和Gview是差不多的,不过好像Gview是不能绘十字椭圆图的。


4.绘制分子轨道图
一般呢,ChemCraft要求大家在输入文件中加入#P和pop=full,这样输出的结果更加详细点,下面我就用#p b3lyp/6-31g pop=full geom=connectivity计算了一下苯的能量,并且保存了chk文件。打开chk文件,它需要转换一下,第一次打开chk文件它要你提拱formchk程序的路径才可以正确打开,formchk程序就在高斯的安装目录下,直接选择就可以了。
打开之后,
a)      选择Tools---》Orbitals-àRender molecular orbitals


b)      选择要绘制的分子轨道,然后点击OK。


c)      回到主界面,点击刚才选中那条分子轨道。


d)      在下面的面板点击show mapped spheres就可以了。


Style有三种样式Points,Lines,Surface三种形式,默认Points,绘制的速度比Gview 快多了。

各种样式可以自己修改。Lines样式,一下就可以转换样式了。比Gview要好。


Surfaces样式

显示平面图show mapped plane

显示等值面show isosurface:

还有很多可用的,我也不是用得很全,反正用来显示是足够啦。
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