niuyuzhen110 发表于 2013-4-1 10:45:13

schrodinger glide对接完得到小分子后怎么计算CScore

如题，本人刚学对接，看到有关文献说做完对接后可以将小分子导入SYBYL中计算其一致打分，我不知道怎么办，求解！！

川大-灰太狼 发表于 2013-9-2 17:38:22

sybyl的一致性打分其实很扯淡，就是把其他几个打分加给出一个整数值。

可以导入 sybyl，然后用命令行输入执行，具体参见sybyl的说明书（help）。

川大-灰太狼 发表于 2013-9-2 17:39:56

恕我直言，Glide计算后的结果再用cscore简直是画蛇添足：）schordinger里面的mmgbsa计算下还是可以的。

niuyuzhen110 发表于 2013-9-2 17:43:12

川大-灰太狼 发表于 2013-9-2 17:38 static/image/common/back.gif
sybyl的一致性打分其实很扯淡，就是把其他几个打分加给出一个整数值。

可以导入 sybyl，然后用命令行输入 ...

呵呵，我现在已经知道这个是扯淡了，那时候就是主要想学方法，谢谢你。

川大-灰太狼 发表于 2013-9-3 08:29:41

niuyuzhen110 发表于 2013-9-2 17:43 static/image/common/back.gif
呵呵，我现在已经知道这个是扯淡了，那时候就是主要想学方法，谢谢你。 ...

呵呵 不客气哈，那时候主要在整理论坛的后台设置，都没有注意到帖子，实在惭愧。

pesticide_ccnu 发表于 2013-9-3 20:48:27

Cscore本身还是有理论依据的，相关文献讨论也很多，不过选取的打分方法需要自身比较靠谱，并按照合适的逻辑组合起来才能提高准确度。可以尝试不直接用sybyl的Cscore方法，而是自己找更加主流的打分方法组合起来用，个人认为还是有意思的吧。

niuyuzhen110 发表于 2013-9-5 15:04:16

pesticide_ccnu 发表于 2013-9-3 20:48 static/image/common/back.gif
Cscore本身还是有理论依据的，相关文献讨论也很多，不过选取的打分方法需要自身比较靠谱，并按照合适的逻辑 ...

是的，说的很好:)

ts2009 发表于 2013-9-5 20:00:39

CScore还是有用的 现在用于虚拟筛选的Consensus scoring function 还是被很多文献证明是很有用的筛到化合物的活性和骨架新颖性都较单一的打分好。
记得有句话是这样的：“Any scoring function may be wrong in a given situation,
but it’s unlikely that all functions will be wrong at the same
time”
页: [1]
查看完整版本: schrodinger glide对接完得到小分子后怎么计算CScore