蝈蝈 发表于 2018-5-13 19:29:00

pyrx软件怎么设置坐标？

想咨询一下，使用pyrx软件进行对接，怎么设置对接的坐标，有x/y/z坐标数值，拖动方盒很麻烦，很难设置到你想要的坐标，请问有什么别的方法吗？多谢了！

川大-灰太狼 发表于 2018-5-13 20:20:07

方盒只要包含你想对接的活性位点就行，已经是很方便的事情了。

蝈蝈 发表于 2018-5-13 21:13:29

还是没有理解，我用DS软件看到化合物坐标中心有个X、Y、Z值；在pyrx中拉方盒的位置使中心和DS类似，但不知道以X、Y、Z中心向外延伸多少？不像autodock X、Y、Z直接能填，然后有个向外扩充的值也能显示？pyrx中怎么没有？多谢！多谢！我也刚接触pyrx，请高人再指点一下。

蝈蝈 发表于 2018-5-13 22:03:58

按着autodock教程事先把晶体复合物分开，所以只能记下配体的坐标，用pyrx重设中心时，只有把盒子拉的很小，坐标才符合记下的坐标，想问再怎么拉，autodock是有个条能看见扩张多少，pyrx怎么设？
还有个问题，最后对接得到的结果，不同构象和酶对接的打分，怎么把各种构象的文件都保存下来，在别的软件查看相互作用，我怎么保存的总是打分最高的构象，其余的构象怎么保存不了呢？求助怎么把所有的结果都保存下来。

川大-灰太狼 发表于 2018-5-13 22:20:50

蝈蝈 发表于 2018-5-13 22:03
按着autodock教程事先把晶体复合物分开，所以只能记下配体的坐标，用pyrx重设中心时，只有把盒子拉的很小， ...
把化合物分子和蛋白导入Pyrx，然后用鼠标拖动盒子的大小就可以了，非常简单。拖动中间那个球就是移动整体的盒子，边上的球就是盒子的大小。

xufund 发表于 2018-5-14 19:21:03

川大-灰太狼 发表于 2018-5-13 22:20
把化合物分子和蛋白导入Pyrx，然后用鼠标拖动盒子的大小就可以了，非常简单。拖动中间那个球就是移动整体 ...

如果不能确定具体的坐标的话。每次对接很难把box的参数弄一致。这是否会影响对接结果？

蝈蝈 发表于 2018-5-14 21:29:37

最后对接得到的结果，不同构象和酶对接的打分，怎么把各种构象的文件都保存下来，在别的软件查看相互作用，我怎么保存的总是打分最高的构象，其余的构象怎么保存不了呢？求助怎么把所有的结果都保存下来。

川大-灰太狼 发表于 2018-5-15 23:25:03

蝈蝈 发表于 2018-5-14 21:29
最后对接得到的结果，不同构象和酶对接的打分，怎么把各种构象的文件都保存下来，在别的软件查看相互作用， ...

Pyrx软件里面只能单独保存小分子为sdf或者pdb。但可以打开Pyrx的工作目录，里面的 Macromolecules有配体out文件，.pdbqt格式，这个用pymol可以观察到所有的小分子的构象。因为我的是win10系统，可能和你的路径不一样，我说的pyrx工作目录，可以在软件里面查看到，如下图。


蝈蝈 发表于 2018-5-16 09:30:33

多谢！多谢！我试试。
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