无敌帅超 发表于 2017-12-6 09:50:15

有个小问题。希望大神不吝赐教

本人第一次在校里的计算服务集群上提交任务,计算gaussian。我在自己的windows电脑上用gaussview画了一个分子,并且生成了gif文件,然后在集群上利用LFS作业调度系统提交作业,但是最后显示:ntrex1: Bad file descriptor。很奇怪,什么叫错误的文件描述?该怎么改正?最后贴上我的提交作业的脚本。
#!/bin/sh

#BSUB -q fat
#BSUB -n 14
#BSUB -R "span"
#BSUB -cwd .
#BSUB -e %1.err
#BSUB -o %1.out

JOBNAME=`basename "$1" .com`






export g09root=/gpfs/soft/g09/g09D

export GAUSS_SCRDIR=/gpfs/users_home/hy608/ils   #这里要自己设定一个tmp文件
export GAUSS_EXEDIR=/gpfs/soft/g09/g09D
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/gpfs/soft/g09/g09D

hash -r


cd/gpfs/users_home/hy608/gaussian/ils      #gjf文件所在的路径
/gpfs/soft/g09/g09D/g09< 1.gjf > 1.log

viger87 发表于 2017-12-8 10:44:22

你可以构建一个小分子在你电脑上试试,如果如果可以再放到服务器上。确定一下是输入文件有问题还是提交的排队命令有问题

邙山的鱼 发表于 2017-12-28 13:55:01

可能是windows和linux之间的格式问题,你用一下dos2unix *.gjf再教一下作业
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