半里格 发表于 2017-11-18 16:07:07

sander.MPI并行运算速度慢


请问各位老师，使用AmberTools14软件跑动力学，蛋白有473个残基，加上水盒后有91654个原子，sander.MPI加速，32个核并行，感觉跑的特别慢，一天只能跑约1.5ns，请问这样的速度正常么？如果不正常，是我安装还是什么地方出了问题？

邙山的鱼 发表于 2017-11-22 14:39:27

这个速度挺正常的...

半里格 发表于 2017-11-22 20:10:22

邙山的鱼 发表于 2017-11-22 14:39
这个速度挺正常的...

sander模块真的不是一般的慢。。。。

邙山的鱼 发表于 2017-11-23 09:36:20

半里格 发表于 2017-11-22 20:10
sander模块真的不是一般的慢。。。。

原子数太多...蛋白要是太长的话，水就会太多，不如截掉一些，加上约束试试...

viger87 发表于 2017-12-8 10:31:45

要么减少原子或者参数，要么上GPU加速

yuanlinchen 发表于 2018-2-3 21:10:51

viger87 发表于 2017-12-8 10:31
要么减少原子或者参数，要么上GPU加速

请问怎么上GPU加速呀，谢谢。

viger87 发表于 2018-3-2 11:43:17

yuanlinchen 发表于 2018-2-3 21:10
请问怎么上GPU加速呀，谢谢。

amber的cpu版（免费）本来计算相对GPU版（收费）慢很多，你那个cpu的计算速度应该是正常的。如果要GPU计算，你的服务器得先有GPU，然后安装编译GPU版的Amber
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