1598879010 发表于 2017-10-16 13:06:41

小白一枚刚接触同源模建

本帖最后由 1598879010 于 2017-10-16 13:26 编辑

小白一枚刚接触同源模建，想模建的序列是NP-005682.2（NCBI），选用的模板是同源蛋白5TWV（PDB）。序列的一致性有63.2%。用的软件是discovery studio。同源模建中碰到一些问题：一是模板蛋白的TMD 2区域有6个跨膜螺旋，而我想模建的序列在这个区域只有4个跨膜螺旋，我不知道如何控制模建出来的蛋白在这个区域的螺旋数目；二是评价同源模建的RMSD值如何降低。。纯新人一个望大神解答

1598879010 发表于 2017-10-16 13:07:59

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1598879010 发表于 2017-10-16 13:15:47

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1598879010 发表于 2017-10-16 13:26:57

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yahulai 发表于 2017-10-16 13:45:09

:)好像没人回复你，，帮顶一下
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