gaowenmei 发表于 2013-1-4 20:46:58

自由能的计算

大家有没有做过这个练习，用Gromacs计算自由能的，http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/Free-Energy_Course/0.introduction.html
如果有人计算过，想问下您算的计算值与所给实验值吻合吗？

墨竹晓风 发表于 2013-1-5 09:34:54

没试过，能提供文献吗？先看看别人用的情况如何

gaowenmei 发表于 2013-1-5 10:29:46

墨竹晓风 发表于 2013-1-5 09:34 static/image/common/back.gif
没试过，能提供文献吗？先看看别人用的情况如何

这个仅仅是个练习 wiki上的

jerrysky2011 发表于 2013-1-5 10:50:51

请问你用过么？这个我看到过，但是感觉很复杂，而且貌似也不是很靠谱

gaowenmei 发表于 2013-1-5 11:05:03

jerrysky2011 发表于 2013-1-5 10:50 static/image/common/back.gif
请问你用过么？这个我看到过，但是感觉很复杂，而且貌似也不是很靠谱

是复杂 但是算自由能 非常靠谱 我最近在用 但是算的结果比实验值小几kJ/mol。不太确定自己做的对不对 所以想看看大家有没有做过的

jerrysky2011 发表于 2013-1-8 09:28:17

gaowenmei 发表于 2013-1-5 11:05 static/image/common/back.gif
是复杂 但是算自由能 非常靠谱 我最近在用 但是算的结果比实验值小几kJ/mol。不太确定自己做的对不对 所 ...

你好，方便加个好友么？1011491246，想跟你讨论相关的问题

jerrysky2011 发表于 2013-1-8 15:32:59

gaowenmei 发表于 2013-1-5 11:05 static/image/common/back.gif
是复杂 但是算自由能 非常靠谱 我最近在用 但是算的结果比实验值小几kJ/mol。不太确定自己做的对不对 所 ...

你是计算体系的总体能量吗，这个有些缺陷的，计算的能量不是自由能

gaowenmei 发表于 2013-1-9 08:54:33

jerrysky2011 发表于 2013-1-8 09:28 static/image/common/back.gif
你好，方便加个好友么？1011491246，想跟你讨论相关的问题

方便 不过这讨论其实也挺好 嘿

gaowenmei 发表于 2013-1-9 08:58:13

jerrysky2011 发表于 2013-1-8 15:32 static/image/common/back.gif
你是计算体系的总体能量吗，这个有些缺陷的，计算的能量不是自由能

要计算的是蛋白质与小分子的结合能 很多文献都采用类似的方法计算自由能啊这个只是初步的练习 验证下自己实际操作过程是否正确

墨竹晓风 发表于 2013-1-9 09:11:25

gaowenmei 发表于 2013-1-9 08:58 static/image/common/back.gif
要计算的是蛋白质与小分子的结合能 很多文献都采用类似的方法计算自由能啊这个只是初步的练习 验证下自 ...

使用过程中有什么心得和经验鼓励分享:)
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