用amber中的MMPBSA算二聚体结合能的问题
求助大神呀我用MMMPBSA算两个蛋白之间，残基数一共大概600个，算出来的结果特别奇怪，静电势能ele是正值，总的能量是正值，我看了其他人算类似二聚体的，总的能量是负值啊，开始以为是轨迹的原因，后来算了晶体结构的还是一样的，总能量算出来仍然是正的，但是我算蛋白和配体的结合能算出来就是负的，是我方法的问题还是体系的原因啊？下面是我用的参数文件mmpbsa.in和结果文件
Input file for running PB and GB
&general
interval=10, verbose=1, entropy=0,
/
&gb
igb=5,
/
&decomp
idecomp=2, dec_verbose=3,
/
命令 MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp complex.prmtop -sp solvate.prmtop -rp A.prmtop -lp B.prmtop -y sol.mdcrd
是我参数设置的不对吗
结果
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean
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VDWAALS -55.6315 7.5478 0.2386
EEL 1250.3490 62.3724 1.9714
EGB -1181.2273 59.0828 1.8674
ESURF -6.9060 1.0412 0.0329
DELTA G gas 1194.7175 65.4441 2.0685
DELTA G solv -1188.1334 58.6355 1.8533
DELTA TOTAL 6.5841 10.1234 0.3200
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syjohn 发表于 2017-9-27 00:24
MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp complex.prmtop -sp solvate.prmtop -rp A.prmtop -lp B.prmtop -y sol.mdc ...
我看amber的教程，sp后面的top文件是包括水和离子的呀，cp后面跟的是蛋白和配体的top文件，我就根据这个算的
-sp solvated_prmtop
Solvated complex topology file
-cp complex_prmtop
Complex topology file. Default “complex_prmtop”
amber16的教程是这样写的 MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp complex.prmtop -sp solvate.prmtop -rp A.prmtop -lp B.prmtop -y sol.mdcrd
这里面-sp 后面的top文件是不包括水和离子的top
-cp 是包括水和离子的top文件
如果你的输入文件是对的话，那么结果的结合自由能是6.58也不是没有可能
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