AMBER 做轨迹氢键分析的输入文件及简单介绍
本帖最后由 墨竹晓风 于 2013-1-9 10:05 编辑AMBER官网分析H键教程+一些说明
1.先将mdcrd的轨迹文件格式转为binpos格式，这样计算会快一些，而且可以将多个mdcrd合并为一个binpos文件。in文件：
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mdcrd_to_binpos.ptraj
trajin equil1.mdcrd
trajin equil2.mdcrd
trajin equil3.mdcrd
trajin equil4.mdcrd
trajin equil5.mdcrd
trajin equil6.mdcrd
trajin equil7.mdcrd
trajin equil8.mdcrd
trajin equil9.mdcrd
trajin equil10.mdcrd
trajout equil_1-10.binpos binpos
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终端：
>$AMBERHOME/bin/ptraj com_wat.prmtop <mdcrd_to_binpos.ptraj >mdcrd_to_binpos.out
2.分析H键，输入文件analyse_hbond.ptraj如下：
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trajin equil_1-10.binpos
#-- Donors from standard amino acids（标准残基中H的给体）
donor mask :GLN@OE1
donor mask :GLN@NE2
donor mask :ASN@OD1
donor mask :ASN@ND2
donor mask :TYR@OH
donor mask :ASP@OD1
donor mask :ASP@OD2
donor mask :GLU@OE1
donor mask :GLU@OE2
donor mask :SER@OG
donor mask :THR@OG1
donor mask :HIS@ND1
donor mask :HIE@ND1
donor mask :HID@NE2
#-- Acceptors from standard amino acids （标准残基中H的受体）
acceptor mask:ASN@ND2 :ASN@HD21
acceptor mask:ASN@ND2 :ASN@HD22
acceptor mask:TYR@OH:TYR@HH
acceptor mask:GLN@NE2 :GLN@HE21
acceptor mask:GLN@NE2 :GLN@HE22
acceptor mask:TRP@NE1 :TRP@HE1
acceptor mask:LYS@NZ:LYS@HZ1
acceptor mask:LYS@NZ:LYS@HZ2
acceptor mask:LYS@NZ:LYS@HZ3
acceptor mask:SER@OG:SER@HG
acceptor mask:THR@OG1 :THR@HG1
acceptor mask:ARG@NH2 :ARG@HH21
acceptor mask:ARG@NH2 :ARG@HH22
acceptor mask:ARG@NH1 :ARG@HH11
acceptor mask:ARG@NH1 :ARG@HH12
acceptor mask:ARG@NE:ARG@HE
acceptor mask:HIS@NE2 :HIS@HE2
acceptor mask:HIE@NE2 :HIE@HE2
acceptor mask:HID@ND1 :HID@HD1
acceptor mask:HIP@ND1,NE2 :HIP@HE2,HD1
#-- Backbone donors and acceptors for this particular molecule
# N-H for prolines do not exist so are not in the mask（脯胺酸 Proline 需要排除，下面红字的地方就是需要修改PRO之后的残基）
#
donor mask @O
acceptor mask:2-11,13-16,20@N :2-20@H
#Terminal residues have different atom names （N端和C端的残基会改变名字，因此需要指定为OXT）
donor mask @OXT
acceptor mask :1@N :1@H1
acceptor mask :1@N :1@H2
acceptor mask :1@N :1@H3
#-- series hbt is just a placeholder to ensure we get the full analysis. If you don't
#have the word series you don't get a full analysis. （计算出现5%以上的H键）
hbond print .05 series hbt
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终端：
>$AMBERHOME/bin/ptraj com_wat.prmtop <analyse_hbond.ptraj >analyse_hbond.out
3.结果分析
出来的结果是这样的
DONOR ACCEPTORH ACCEPTORatom# :res@atom atom# :res@atom atom# :res@atom %occupieddistance angle lifetime maxocc| 197:12@O | 228 :16@H 227 :16@N |25.832.871 ( 0.08)22.38 (12.37) 2.2 (1.9) 30 | oooo-..|
给体-H-受体， 原子号-残基号-原子。 oooo-x分别表示
Dumping schematic of time series after each h-bond, key follows: | . - o x * @ | 0-5% 5-20%20-40%40-60% 60-80% 80-95% 95-100% occupancy
我去，超级有用资源，感谢楼主分享！{:soso_e163:} 正在学习呢，拜读一下 还是不怎么看得懂，但是真是好帖子啊，找了很久关于氢键分析的资料，不知道楼主在不在，能不能教教我:loveliness: 考拉猪 发表于 2014-3-14 20:43 static/image/common/back.gif
还是不怎么看得懂，但是真是好帖子啊，找了很久关于氢键分析的资料，不知道楼主在不在，能不能教教我:lovel ...
我刚学amber不久，还不是很会哦
这里的供体受体序号到底怎么对应改的呢
考拉猪 发表于 2014-3-14 20:57 static/image/common/back.gif
我刚学amber不久，还不是很会哦
这里的供体受体序号到底怎么对应改的呢
最近忙于写文章，所以不太能及时回复，见谅。
可以先看看AMBER官网的分析教程。http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm。从头看，详看 6.1.3) Hydrogen Bonding Analysis。我这个只是analyse_hbond.ptraj分析脚本的一个说明，需要配合计算命令来执行的
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