Gromacs是否能用于计算配体中的基团与蛋白之间的能量？
想用Gromacs计算色胺里面的吲哚环与蛋白之间的能量，建立了吲哚环的组然后进行下一步出现fatal error:两个处在同一个电荷组（色胺）的原子处在两个能量组（色胺和吲哚环）。我想到的解决办法是删除色胺这个组，但是好像必须要建立一个色胺-蛋白的组，这样一来色胺里面吲哚环以外的原子就会在色胺-蛋白这个组，吲哚环的原子在吲哚环这个组，这是错误的。根据我的理解Gromacs无法计算配体的基团与蛋白之间的能量。求大神解答Gromacs是否能用于计算配体中的基团与蛋白之间的能量？如果能，请告诉我如何操作。如果不能，请问什么软件能做这个计算？Amber？非常感谢！！！
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