请教怎样将血红素设为柔性残基
请教各位大神，细胞色素P450酶催化的反应，血红素铁离子是催化的活性中心，请问怎样在autodock里将血红素设为柔性残基，试过很多次，软件总是报错。多谢指教！
血红素在P450活性口袋中的位置是保守的，为什么要设置成柔性残基。。？ laoman 发表于 2017-7-24 19:20
血红素在P450活性口袋中的位置是保守的，为什么要设置成柔性残基。。？
血红素的铁离子是催化的活性中心。
我试过不设定柔性残基进行对接，发现结果不可靠。晶体结构里有小分子配体的，对接出来的构象与原来的小分子构象重合。 viger87 发表于 2017-8-16 15:09
如果是配位的话应该是比较好对的，不用设置HEM部分柔性。
你说的“晶体结构里有小分子配体的，对接出来的 ...
删除了，对接出来的分子与原来分子的位置是重合的 您好，我用autodock做对接时，血红素铁离子显示电荷为零，导致最终结果显示配体小分子未与铁离子作用，铁离子不存在，我试了几种方法都显示warning。想请问您是怎么解决的，十分感谢！
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