半里格 发表于 2017-7-22 11:58:34

Amber不识别CL Created a new atom named: CL1

请问：
用amber的antechamber生成带有氯原子的小分子立场参数文件，但是在tleap时，错误说
Created a new atom named: CL1 within residue: .R<2GE 201>
Created a new atom named: CL2 within residue: .R<2GE 201>
Added missing heavy atom: .R<2GE 201>.A<Cl2 31>
Added missing heavy atom: .R<2GE 201>.A<Cl1 29>
可是我的pdb文件明明有cl，为什么还要报错说缺少原子cl？

附我的蛋白文件
HETATM   12CL1 2GE A   1      -4.92677.49115.5811.00 32.59          CL
HETATM   13C11 2GE A   1      -2.33977.11714.7601.00 22.11         C
HETATM   14CL2 2GE A   1      -1.87477.87216.2541.00 25.05          CL

邙山的鱼 发表于 2017-8-7 10:44:48

大小写问题吧

1836184913 发表于 2017-8-8 21:19:06

你可以具体看看amber tutorial中小分子的处理

半里格 发表于 2017-8-10 11:29:23

邙山的鱼 发表于 2017-8-7 10:44
大小写问题吧

谢谢提醒~可是我改成小写之后，发现是可以运行程序生成参数了，但是在视图软件中打开仍然显示为碳原子，这样不会影响后续的运行么？

半里格 发表于 2017-8-10 11:30:36

1836184913 发表于 2017-8-8 21:19
你可以具体看看amber tutorial中小分子的处理

谢谢~ 我看了amber的turorial，还是出现这个问题:'(

邙山的鱼 发表于 2017-8-11 21:47:29

半里格 发表于 2017-8-10 11:29
谢谢提醒~可是我改成小写之后，发现是可以运行程序生成参数了，但是在视图软件中打开仍然显示为碳原子， ...

mol2文件？中间指认原子类型的一列可能没有写对，仔细检查一下，有时候文件格式转来转去就会有问题。
页: [1]
查看完整版本: Amber不识别CL Created a new atom named: CL1