wangpanpan98 发表于 2017-5-3 10:31:12

小分子配体-蛋白-膜体系的结合自由能计算

我做了一个小分子配体-蛋白-膜体系的分子动力学模拟，需要算一下结合自由能，我计算的时候用的是MM/GBSA, 溶质介电常数为2，溶剂介电常数为80。投稿后，评审说我应该考虑多相体系(membrane protein + membrane + water solvent), 不知有没有大神算过这类的结合自由能呀？或者用其他方法计算，请各位大神赐教，非常感谢

puzhongji 发表于 2017-5-8 13:25:58

ambertools 17新增计算膜蛋白mmpbsa
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