许青良 发表于 2017-3-26 17:21:31

ledock关于蛋白含有DNA的怎么对接

@fireflying,我们在做ledock时,发现如果蛋白里含有DNA的时候,运行lepro时,生成的pro.pdb文件里DNA被删除,影响对接结果
如果只有DNA时,直接运行lepro时,出来的boxer会把整个DNA包括在内,而且dok的结果为0
请问这种有DNA的怎么做dock?

puzhongji 发表于 2017-3-28 07:54:19

lepro目前不支持对DNA结构的处理。可以用VMD处理受体结构。大致步骤如下:
1. VMD打开受体结构(去除水分子及配体)
2. Extension ---> Modelling ---> Automatic PSF builder
3. 加载CHARMM的DNA拓扑文件(蛋白默认已经加载)
4. 点击 ‘I'm feeling lucky' 生成目标PDB文件以及PSF文件
5. 根据需要将生成的PDB以及PSF文件重命名
6. 设置好对接参数文件,譬如结合口袋,可以用PyMol插件或者VMD插件设置结合口袋。
7. 运行ledock: ledock dock.in -psf
* -psf参数将读取PSF文件里面的蛋白与DNA拓扑结构以及分电荷信息
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