疯狂的鬼马 发表于 2016-12-30 17:00:50

gromacs进行膜蛋白模拟时grompp出现fatal error：unknow atomtypes OW

求大神指教 进行膜蛋白模拟时 用的上传了自己加了磷脂膜的力场 出现如下错误Fatal error:
Unknown atomtype OW

请问是力场问题吗

rosmarin 发表于 2017-1-13 23:57:41

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:10
我还想请教一个问题 就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候，出现下面的报错
Water molecule starting ...

你这个报错真的是跑minimization的时候的，还是约束平衡的时候？

先检查是不是这个水出现在了不该出现的地方，比如binding site或者在膜中间；如果不是就是你系统没平衡好，用1 fs步长，约束蛋白质的情况下再多跑几步

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-14 16:21:56

rosmarin 发表于 2017-1-13 23:57
你这个报错真的是跑minimization的时候的，还是约束平衡的时候？

先检查是不是这个水出现在了不该出现的 ...

跑最小化的时候，报错的水分子在膜的两边，删了这个水分子之后，报错又依次移向了下一个水分子，我是用的1fs的步长呀

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:10:21

puzhongji 发表于 2017-1-9 10:13
认真看教程2

我还想请教一个问题 就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候，出现下面的报错
Water molecule starting at atom 16462 can not be settled.
这个可能是什么原因啊

rosmarin 发表于 2017-1-4 06:38:31

是力场问题，你需要把你所用的力场、top文件、gro文件和你所用的命令告诉大家，才有人可以给你准确的解答

puzhongji 发表于 2017-1-9 10:10:52

认真考教程2吧

puzhongji 发表于 2017-1-9 10:13:08

认真看教程2

qshenlove 发表于 2017-1-9 15:11:06

你修改力场的时候有错误，仔细核对gromacs教程吧

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:03:50

qshenlove 发表于 2017-1-9 15:11
你修改力场的时候有错误，仔细核对gromacs教程吧

好的 :loveliness: 已解决 是ffnonbound文件中HW的修改问题

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:04:19

puzhongji 发表于 2017-1-9 10:10
认真考教程2吧

okok 谢谢

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:05:14

rosmarin 发表于 2017-1-4 06:38
是力场问题，你需要把你所用的力场、top文件、gro文件和你所用的命令告诉大家，才有人可以给你准确的解答 ...

get get多谢指导:lol
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