用ledock进行晶体配体自对接，对接结果偏差大
本帖最后由 年华 于 2016-12-10 17:31 编辑各位高手，小白有些问题想请教。
1.用ledock进行晶体配体自对接，查看对接的结果，发现分子三个分支的分布和晶体内结果差距很大，请问各位高手，这是什么原因呢？ 选用的box为【2.74 20.43 15.21 34.01 35.41 62.58】，应该是包住活性中心了的。我也做了些盒子的调整。但还是没有理想效果。
2.对接结果聚类很差，这是会和什么原因相关呢？
3.看了论坛上关于leodck的相关教程，没有发现ledock有很多可调整设置的参数，那么像我这样遇到这种难题的，应该怎么处理呢？
4.看了lewater的说明书，但是还有些困惑，比如其输入文件是手动写的么？还是有生成软件的？大家有其他教程么？
小白金币也不多，先谢过大家了~
请问您的问题解决了吗？
应该还是盒子的原因，也有可能晶体自带的小分子对对接效果的影响
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