如何从小分子库得到片段库
现有zinc数据库小分子，请问有什么方法可以把这些小分子打成片段形成一个新的片段库呢可以试试Recore，德国BiosovleIT公司的软件。https://www.biosolveit.de/software/FBLD.html基于结构的药物设计，可申请试用。 非常感谢 本帖最后由 小萌物 于 2016-12-29 10:26 编辑
如果你会点编程，可以用免费的开源软件RDKIT、CDK ToolKit等来切片段。还有molblocks、DAIM（http://www.biochem-caflisch.uzh.ch/download/）等免费软件，歪果仁已经做得很好了。
这有一篇有关片段切割的文献，你自己可以去看看了解一下片段切割的算法：Degen J, Wegscheidgerlach C, Zaliani A, et al. On the art of compiling and using 'drug-like' chemical fragment spaces.. ChemMedChem, 2008, 3(10):1503-7. DOI: 10.1002/cmdc.200800178。
商业软件还是有很多可以做片段库的，比如ChemAxon的Fragmenter，Openeye的 OEMedChem Toolkit 等。还有群里面赵老师做的LeFrag也是很不错的http://www.lephar.com/software.htm。我看过赵老师文章里面片段的切割和描述算法，感觉是不错的（参考文献Zhao H, Dong J, Lafleur K, et al. Discovery of a Novel Chemotypeof Tyrosine KinaseInhibitors by Fragment-Based Docking and Molecular Dynamics. Acs Medicinal Chemistry Letters, 2012, 3(3):834-8. DOI:10.1021/ml500355x）。http://www.lephar.com/img/software/lefrag.png
图1. LeFrag的示意图
https://docs.eyesopen.com/toolkits/java/_images/OEGetBemisMurcko.png
图2. OpenEye的片段切割示意图 这个问题我以前也问过各位大神，可以去这里看看：http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=2349&extra=
小萌物 发表于 2016-12-29 10:19
如果你会点编程，可以用免费的开源软件RDKIT、CDK ToolKit等来切片段。还有molblocks、DAIM（http://w ...
多谢多谢
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