redream 发表于 2016-11-10 14:05:01

Ubuntu下GROMACS的并行安装教程(最新版)


网络上有很多教程教大家安装,但大多有点老旧了,跟不上版本的发展。

在任何类Unix操作系统下安装软件,不外乎如下步骤:
1.检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件,并设置路径

下面就具体介绍安装步骤:

包含,g++编译器,如果你安装user发展的包,可能还要用到gfortran编译器; 并行包,mpi编译器,fftw库等。

1.      我们首先检查下依赖包:在命令行下 用 which命令进行检查是否存在。
执行: which gcc;which g++; which mpirun; which mpic++等。Fftw库要到/usr/include下查看有没有fftw3等相应的头文件。 有了就不需要再次安装,没有就需要先安装上。

2.      假定你上面的依赖包都没有(重复安装无所谓),请顺序执行下面命令: 【这些安装要su root下;LAMMPS安装不需要root权限】
0)atp-get installcmake*
a)      apt-get install gcc*
b)      apt-get install g++*
c)      apt-get install mpi-default-*
d)      apt-get install libfftw3*

确保上面的库都安装上,安装过程中可以看到是否已经装上,没有的话,窗口会等待让你输入 yes

完事后, 解压gmx的包进行安装

tar -xvf gromacs-5.1.tar.gz
cd gromacs-5.1
mkdir build
cd build
cmake ..   -DGMX_SIMD=sse2   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx   -DGMX_MPI=on
make
make install

GMXRC是配置文件,可在bashrc里面加入环境变量vi .bashrc 然后 source/路径/gmx/bin/GMXRCsource .bashrc即可

Linux下软件的安装,根本在依赖包的安装和路径的设置,这些搞定,安装不会有障碍。

南海之南 发表于 2016-12-7 10:27:31

请问路径指的是什么的路径?

南海之南 发表于 2016-12-7 10:28:45

cmake ..   -DGMX_SIMD=sse2   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx   -DGMX_MPI=on
请问这条命令中 /路径/ 部分怎么设置
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