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时光过客 发表于 2016-9-16 12:39:26

小分子pdb文件怎样知道坐标对应的分子结构?

求大神赐教！
我想做小分子和蛋白的复合物gromacs模拟，能不能用部分小分子结构和蛋白模拟呢？能做的话怎样查到pdb文件坐标对应的结构呢？
这是我的小分子pdb文件，初来乍到，求指教！
REMARK   This PDB file was created by CS Chem3D.
HETATM    1O   UNN   0       0.143-0.087   0.051                      O
HETATM    2O   UNN   0       3.490   1.294   0.121                      O
HETATM    3O   UNN   0      -0.494   4.692   0.136                      O
HETATM    4O   UNN   0       1.895   3.637   0.146                      O
HETATM    5O   UNN   0      -4.232   1.742   0.030                      O
HETATM    6O   UNN   0       5.405-2.237   1.476                      O
HETATM    7O   UNN   0       2.267-4.365-1.407                      O
HETATM    8O   UNN   0       4.616-4.434   0.022                      O
HETATM    9C   UNN   0      -0.117   2.337   0.095                      C
HETATM   10C   UNN   0       1.508   0.082   0.071                      C
HETATM   11C   UNN   0      -0.647   1.041   0.062                      C
HETATM   12C   UNN   0       2.266-1.020   0.059                      C
HETATM   13C   UNN   0       2.135   1.262   0.103                      C
HETATM   14C   UNN   0       1.373   2.548   0.118                      C
HETATM   15C   UNN   0      -0.991   3.432   0.105                      C
HETATM   16C   UNN   0      -2.028   0.839   0.041                      C
HETATM   17C   UNN   0       1.865-2.134-0.678                      C
HETATM   18C   UNN   0       3.457-1.054   0.784                      C
HETATM   19C   UNN   0      -2.891   1.935   0.051                      C
HETATM   20C   UNN   0      -2.373   3.230   0.083                      C
HETATM   21C   UNN   0       4.248-2.203   0.772                      C
HETATM   22C   UNN   0       2.656-3.283-0.690                      C
HETATM   23C   UNN   0       3.847-3.318   0.034                      C
HETATM   24H   UNN   0      -2.435-0.182   0.015                      H
HETATM   25H   UNN   0       0.926-2.107-1.250                      H
HETATM   26H   UNN   0       3.773-0.176   1.366                      H
HETATM   27H   UNN   0      -3.054   4.093   0.091                      H
HETATM   28H   UNN   0       3.812   0.377   0.107                      H
HETATM   29H   UNN   0      -1.244   5.311   0.139                      H
HETATM   30H   UNN   0      -4.397   0.784   0.009                      H
HETATM   31H   UNN   0       5.512-1.378   1.919                      H
HETATM   32H   UNN   0       2.939-5.058-1.293                      H
HETATM   33H   UNN   0       5.395-4.268   0.579                      H
CONECT    1   10   11
CONECT    2   13   28
CONECT    3   15   29
CONECT    4   14
CONECT    5   19   30
CONECT    6   21   31
CONECT    7   22   32
CONECT    8   23   33
CONECT    9   11   14   15
CONECT   10    1   12   13
CONECT   11    1    9   16
CONECT   12   10   17   18
CONECT   13    2   10   14
CONECT   14    4    9   13
CONECT   15    3    9   20
CONECT   16   11   24   19
CONECT   17   12   25   22
CONECT   18   12   26   21
CONECT   19    5   16   20
CONECT   20   15   19   27
CONECT   21    6   18   23
CONECT   22    7   17   23
CONECT   23    8   21   22
CONECT   24   16
CONECT   25   17
CONECT   26   18
CONECT   27   20
CONECT   28    2
CONECT   29    3
CONECT   30    5
CONECT   31    6
CONECT   32    7
CONECT   33    8
END

川大-灰太狼 发表于 2016-9-18 09:21:46

“能不能用部分小分子结构和蛋白模拟呢？” 这是什么意思呢？ 是部分小分子和一个蛋白做分子动力学，还是一个小分子和部分蛋白的结构做分子动力学？

时光过客 发表于 2016-9-19 19:29:40

川大-灰太狼 发表于 2016-9-18 09:21
“能不能用部分小分子结构和蛋白模拟呢？” 这是什么意思呢？ 是部分小分子和一个蛋白做分子动力学，还是一 ...

是部分小分子和一个蛋白做动力学模拟

川大-灰太狼 发表于 2016-9-20 20:54:15

时光过客 发表于 2016-9-19 19:29
是部分小分子和一个蛋白做动力学模拟

这个小分子是什么小分子？为什么要用部分而不全用呢？

时光过客 发表于 2016-9-21 15:44:43

川大-灰太狼 发表于 2016-9-20 20:54
这个小分子是什么小分子？为什么要用部分而不全用呢？

因为我想试试是不是小分子中特定结构比其他结构作用要大，或者起直接作用

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