冰凝草 发表于 2016-9-6 16:44:30

Easymodeller已经建模，但是UCLV-SAVE评分太低，如何进行调整呢

各位大神好，我已经利用模板蛋白对自己的目的蛋白进行了同源建模，使用的是Easymodeller，导出的pdb格式的结构用UCLV-SAVE进行了评分，但是各项评分都很低，那么应该怎么对建模的结构进行修改呢，使用Easymodeller能够做到么，修改的标准是什么？评分情况：

ERRAT
Overall quality factor**: 38.289
VERIFY3D
52.53% of the residues had an averaged 3D-1D score >= 0.2
ERROR
Less than 65% of the amino acids have scored >= 0.2 in the 3D/1D profile.
Summary
• Interactive
Ramachandran Plot



CRYST1
temporarily disabled
PROVE
ERROR
The total number of buried outlier protein atoms was 371 ( 9.4 percent) of scored atoms.


川大-灰太狼 发表于 2016-9-6 22:21:47

把握模建的本质，根据你的需求去建模。比如说你只是为了用来做药物设计或者酶催化，那么你对药物或者底物作用的活性位点最关心，而其他部分可以不要求那么高，则对模建你仅仅关心活性位点处是否建好了。用来打分的模型也就是可以删减的。

冰凝草 发表于 2016-9-7 09:08:20

川大-灰太狼 发表于 2016-9-6 22:21
把握模建的本质，根据你的需求去建模。比如说你只是为了用来做药物设计或者酶催化，那么你对药物或者底物作 ...

谢谢灰大大，还有一个问题，就是有没有详细的优化规则和优化手段，才开始接触建模，不是很懂，论坛还在学习中，如果方便的话，麻烦教教我，谢谢

2012年9月4日 发表于 2017-3-14 20:44:49

您好，我也遇到了跟您相同的问题，请问您解决了么，谢谢您
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