j加速度123 发表于 2016-8-23 17:46:06

做hsg1教程，准备柔性残基文件

做hsg1教程，准备柔性残基文件时候，怎么显示出像教程中（如图1）自己选中的柔性残基呀？然后再到Choose Torsions in Currently Selected Residues这一步的时候，为什么会出现如图2中的情况啊？另外，我再问一个比较白痴的问题，前面第一步准备蛋白的时候，为什么要先加上所有的水，再删掉呢？（如图3）请各位大侠赐教

川大-灰太狼 发表于 2016-8-23 19:41:27

图2的问题是你选择了所有的氨基酸残基，请注意选择你想柔性的残基即可。图3的问题，不是让你先添加水，而是先要选择已有的水分子，再删除掉。这个其实不是那么合理，如果水分子在活性位点处，与小分子和蛋白形成了间接氢键的应该保留。只是autodock本身没有考虑这种情况，在LeadIT中的FlexX中是可以选择有用的水分子的。

j加速度123 发表于 2016-8-24 09:20:54

川大-灰太狼 发表于 2016-8-23 19:41
图2的问题是你选择了所有的氨基酸残基，请注意选择你想柔性的残基即可。图3的问题，不是让你先添加水，而是 ...

好的，我明白了！我想再问个问题行吗？就是我按教程选择了ARG8这个残基，但是在图形界面中我看不到这两个残基，所以我选择不出来。然后界面的下端的selected 也没有显示已选择两个残基。这个该怎么操作呀？

j加速度123 发表于 2016-8-24 16:21:26

j加速度123 发表于 2016-8-24 09:20
好的，我明白了！我想再问个问题行吗？就是我按教程选择了ARG8这个残基，但是在图形界面中我看不到这两个 ...

我今天再做了下教程，出现图中这个问题，是不是我安装的途径有问题呀？万分感激！
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