jimcate 发表于 2016-8-15 20:45:18

gmx隐式溶剂的速度

为了加快模拟的速度，今天尝试了gmx的隐式溶剂(蛋白有160个残基)，采用非周期性边界条件和无穷大的非键截断半径(rvdw, rcoulomb)。

发现这样计算的速度会非常慢(甚至比使用显式溶剂，常规截断半径的速度要慢)。但是如果设定隐式溶剂的截断半径为有限值并行计算的话会报lincs error？

这样的话隐式溶剂还能起到加速的作用吗？或者我的理解 or 设置有问题？
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