时光过客 发表于 2016-7-20 11:06:30

autodock对接处理

新人求赐教：请问autodock对接时会删水加氢，原因是什么呢？？不删水的话可以么，对结果有影响么？

数据挖掘 发表于 2016-7-20 21:21:12

本帖最后由 数据挖掘 于 2016-8-24 22:09 编辑

默认是刚性对接，如果你不删除水分子，水分子占据的位置配体是无法靠近的，所以需要删除水分子。
另外在软件本身可能也没有考虑水的参数。晶体解析的时候H是解析不出来的，而氢键又是非常重要的，所以设计软件的时候考虑了H的贡献。

时光过客 发表于 2016-7-25 09:34:58

数据挖掘 发表于 2016-7-20 21:21
默认是刚性对接，不删除水分子，水分子占据的位置配体是无法靠近的。另外在软件本身可能也没有考虑水的参数 ...

谢谢讲解。。那我做的是半柔性对接，得删水吧？而且我看好几个版本autodock的教程按流程都是要删水的。。还有，刚性对接为什么不删水啊？

wzh_1995 发表于 2016-9-28 09:21:36

数据挖掘 发表于 2016-7-20 21:21
默认是刚性对接，如果你不删除水分子，水分子占据的位置配体是无法靠近的，所以需要删除水分子。
另外在软 ...

你好，那vina对接的时候配体的准备文件，pdbqt文件需要加氢吗，就是sdf或mol2格式的分子转为pdbqt格式的分子需要加氢吗
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