zzz888 发表于 2016-7-6 14:40:11

请教：使用AMBER的MMPBSA计算结合自由能的问题

请教各位高手，如果蛋白质中存在两个配体，AMBER的MMPBSA能够计算单个配体与蛋白质的结合自由能吗?

墨竹晓风 发表于 2016-7-12 09:56:30

zzz888 发表于 2016-7-11 09:50
您好，非常感谢您的回答。我是个新手，您能再麻烦一下给我举个例子，如何删除掉配体呢？非常感谢！ ...

没有现成的例子。融会贯通AMBER说明书中，MMPBSA.py章节下，&general namelist variables里面的ligand_mask，receptor_mask，strip_mask字段。

墨竹晓风 发表于 2016-7-7 16:10:43

可以，两个配体命名为不同残基名字。在MM/GBSA计算时候，脚本in文件中，删除掉不需要的那个配体就行了。

zzz888 发表于 2016-7-11 09:50:57

墨竹晓风 发表于 2016-7-7 16:10
可以，两个配体命名为不同残基名字。在MM/GBSA计算时候，脚本in文件中，删除掉不需要的那个配体就行了。 ...

您好，非常感谢您的回答。我是个新手，您能再麻烦一下给我举个例子，如何删除掉配体呢？非常感谢！

bzy2570 发表于 2016-9-5 20:44:51

可以分开分割计算啊
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