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有你就足够 发表于 2016-7-1 16:41:23

NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境

各位大神，小弟最近因为实验要求，需要补充一些数据，需要用NAMD，做一些不同PH条件下（比如PH为1,3,5,7等）的蛋白质分子动力学模拟，先前实验室一个早已经毕业的师兄做过。看他的论文，是用VMD中的Psfgen加氢的，但是小弟折腾了挺长时间的，还是不会，特意来向大神求助啊。
还有，NAMD默认能量最小化，默认的是共轭梯度法，我看毕业师兄的论文，采用的是最徒下降法和共轭梯度法结合的使用，步骤是:首先限制蛋白质中的重原子，对氢原子、水和抗衡离子进行 5 ps 的能量最小化，然后解除对蛋白质中重原子的限制:对整个系统进行 20 ps 的能量最小化。我想知道大神们都是怎么做的啊。

有你就足够 发表于 2016-7-5 16:56:24

:'(:'(:'(:'(没有大神吗？小弟初次接触，什么都不会啊

有你就足够 发表于 2016-7-8 22:16:26

:loveliness::loveliness:有大神？跪求啊，大神出来吧！！！！

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