小白关于Rosetta 蛋白质对接的结构前期优化问题
才接触rosetta, 想用它来做一些蛋白质对接的工作。然后就照网上的教程走：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking
对接前需要对结构进行优化：
https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/input_and_output/input_and_output#controlling-input_preparing-a-structure-by-refinement
照着上面说的弄：
C:\Users\Administrator\Desktop\7JS_14}6FDISOO4RS$T@DFE.png
然后优化就出现了问题:
$ /home/xmpu215/JYY/Rosetta/main/source/bin/score_jd2.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags
ERROR: Illegal value for integer option -out:nstruct specified: 2
意思似乎是说输出结构数的值有错，但是这个值应该是整型啊？？！
有玩过的亲们麻烦指点一下:P
网上的教程，图片没弄上来，补充下内容：
To demonstrate how to run the relax executable on an input structure, run the following command in your terminal:
$>../../../main/source/bin/score_jd2.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _crystal @crystal_score_flags
and note the score in the score_crystal.sc file. Now, run
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags
where the contents of the general_relax_flags file are expanded below:
-nstruct 2
-relax:default_repeats 5
-out:path:pdb ./tutorial_output
-out:path:score ./expected_output 自问自答，发邮件联系了rosetta团队的一个人，原因很简单：general_relax_flags的内容不能从网上直接copy and paste，因为会有一些特殊字符在里面而我们看不到这些, 所以全部手敲问题就解决了。
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